目錄介紹環(huán)境配置OrthoMCL使用統(tǒng)計聚類結(jié)果最后 介紹 OrthoMCL是一款直系同源基因聚類軟件, 它不僅能得到多個物種共有的直系同源基因, 還能夠分別獲得不同物種特有...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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「生信」同源基因分析——OrthoMCL -
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Count分析基因Gain/Loss/Duplication文獻(xiàn)標(biāo)題：Count: evolutionary analysis of phylogenetic profiles with parsimony and likelihoo...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹提到尋找物種之間的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是現(xiàn)在用的最多的一款來找直系同...
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MrBayes構(gòu)建貝葉斯樹
1.前期準(zhǔn)備 構(gòu)建貝葉斯樹需要用到的軟件有phylosuite(序列準(zhǔn)備)、iqtree2(最適模型查找)、mrbayes(構(gòu)建貝葉斯樹)。 2.phylosuite準(zhǔn)備序列...
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R-熱圖-pheatmappheatmap是繪制熱圖的經(jīng)典R包。其中一些細(xì)節(jié)參數(shù)設(shè)置，之前每次遇到都是網(wǎng)上搜索。這次系統(tǒng)整理下常用用法，為以后繪圖提供方便。 0、示例數(shù)據(jù)與R包加載 （1）模擬示例數(shù)據(jù)...
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群體遺傳學(xué)-選擇清除分析一、中性學(xué)說 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引起的，從而形成分子水平上的進(jìn)化性變化或種內(nèi)變異。分子演化的...
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擴增子分析——usearch+vsearch+qiime1
參考文章：1.http://www.itdecent.cn/p/c72bb359f050[http://www.itdecent.cn/p/c72bb359f050]2....
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宏基因組 - (1)基因預(yù)測與基因相對豐度的計算-3.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q 840842906索 簡單介紹一下方向也可以，說不定以后能互相幫忙～ 注明來意，請實名 學(xué)校+名字 -2.兩組樣品，目的是通過...
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宏基因組 - (2)基于基因相對豐度計算α/β多樣性-1.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q索要 請實名，名字+學(xué)校+方向 0. 首先需要獲取基因的相對豐度表，這里可以略參考 宏基因組-(1)基因預(yù)測與基因相對豐度[ht...
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主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語言）
R語言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個老師在整理文章數(shù)據(jù)，由于分組較多，想展示PCA圖，說明不同分組的差異，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
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跟著Nature Metabolism學(xué)作圖:R語言ggplot2熱圖和添加分組標(biāo)記論文 Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specif...
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ggplot2之顏色設(shè)置
該文章為個人為了復(fù)習(xí)總結(jié)的筆記，參考來源為： https://www.sohu.com/a/348752646_785442 http://www.itdecent.cn/...
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序列比對工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一種很直接的數(shù)量關(guān)系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合適的度量 如：A序列和B序列的相似性是80% 同源性（homology）...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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宏基因組分箱(Binning)技術(shù)導(dǎo)讀 宏基因組分箱（Binning）是將宏基因組測序得到的混合了不同生物的序列或序列組裝得到的contigs按物種分開歸類的過程，類似下圖[1]。傳統(tǒng)的單物種全基因組序列都是...
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跟著PNAS學(xué)作圖：R語言ggplot2作圖展示多序列比對結(jié)果論文 The evidence remains clear: SARS-CoV-2 emerged via the wildlife trade https://www.pn...
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linux sort 命令整理
無論是工作中使用還是應(yīng)付各種面試，linux sort 都是必須要掌握的 linux 基本命令之一。尤其是 linux sort -k 命令，經(jīng)常會被搞暈，索性好好研究一下 ...
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基因BIN來源分析（一）cd-hit去冗余，salmon計算基因TPM
導(dǎo)讀 humann中有一個模塊可以進(jìn)行基因物種來源分析，但是內(nèi)部怎么分析的。如果能獲得每個物種的基因序列文件，那么不用humann也能進(jìn)行此分析。所以基因BIN來源分析很適合...
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RPKM、FPKM、TPM的區(qū)別測序read數(shù)會受到基因長度和測序深度影響，解決方案如下：1、基因長度影響--將測序Read數(shù)除以基因長度；2、測序深度影響--將Read數(shù)除以總Read數(shù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化 簡寫 ...