0.NMF NMF是非負(fù)矩陣分解，也是常用的劃分亞組（亞型）的聚類方法之一咯。 代碼主要參考了幫助文檔和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....
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實(shí)戰(zhàn)-TCGA數(shù)據(jù)的NMF聚類和可視化 -
HPA數(shù)據(jù)庫概要（Human Protein Atlas）HPA數(shù)據(jù)庫（Human Protein Atlas）是基于蛋白組學(xué),轉(zhuǎn)錄組學(xué)以及系統(tǒng)生物學(xué)數(shù)據(jù)，可以繪制組織、細(xì)胞、器官等圖譜。不僅收錄了腫瘤組織，也涵蓋了正常組織的蛋白表...
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富集分析圈圈圖0.需求解讀 這是富集分析比較常見的一個(gè)圖，左圖右表。 圖的最外層是GOterm的編號(hào)，中間灰色背景層表示基因的logFC分布，可以看到每個(gè)term對(duì)應(yīng)到的市上調(diào)基因還是下調(diào)...
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bert as service 的使用記錄
肖涵博士的bert-as-service 安裝： 要求： （1）Python >= 3.5（2）Tensorflow >= 1.10（3）不支持Python2！??！ 準(zhǔn)備工作...
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TCGA數(shù)據(jù)分析系列（二）：LinkedOmics
歡迎關(guān)注公眾號(hào)“生信小課堂” TCGA數(shù)據(jù)分析課程：生物信息學(xué)教學(xué) 今天繼續(xù)我們TCGA在線數(shù)據(jù)庫系列。今天介紹的數(shù)據(jù)庫是LinkedOmic,http://www.link...
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分享一個(gè)裝 R 包出錯(cuò)案例
錯(cuò)誤可能比較罕見，分享出來也許有人也遇到呢，就起作用了。 需要的依賴系統(tǒng)已經(jīng)安裝，所以按照提示進(jìn)行手動(dòng)設(shè)置 LIB_DIR 路徑。 用 apt-file 尋找文件路徑，如果是...
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【搬磚】構(gòu)建預(yù)后signature 實(shí)踐Cox 回歸模型 寫在最開頭：誠心推薦解螺旋麥子的Cox回歸模型R教學(xué)視頻?。。∪绻銓?duì)cox還稀里糊涂的，下面的鏈接，點(diǎn)！15分鐘就能GET超級(jí)舒爽的代碼~【Cox回歸的R...
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生物數(shù)據(jù)庫之一級(jí)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫參考：山東大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 之前的博客我們講了生物數(shù)據(jù)庫之核酸數(shù)據(jù)庫。這次我們來講蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的種類比核酸數(shù)據(jù)庫要多，但它的注釋要比核酸數(shù)據(jù)庫直白得多。像核酸數(shù)...
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(填坑)（Hadoop）HADOOP_HOME and hadoop.home.dir are unset.一.問題描述：windows本地調(diào)試Hadoop程序時(shí)報(bào)錯(cuò)錯(cuò)誤信息： 其原因是需要在windows本地搭建Hadoop環(huán)境，下載winutils文件，并將hadoop-2.8...
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后面的代碼是有問題的，篩選出來的每個(gè)基因只在一個(gè)樣本里有突變。這不對(duì)
TCGA突變數(shù)據(jù)挖掘：把樣本整理為突變型或野生型
一從TCGA下載突變信息 這里下載的是maf文件 二把樣本根據(jù)是否突變分為野生型和突變型 可以看到包含了突變基因和對(duì)應(yīng)的樣本 最后 感謝jimmy的生信技能樹團(tuán)隊(duì)！ 感謝導(dǎo)師...
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DNA甲基化Bismark、BSMAP流程跑起來日常掰蝦 ??前面學(xué)習(xí)了DNA甲基化的基礎(chǔ)知識(shí)，也了解了它的重要性，不知道的同學(xué)看這里，DNA甲基化知識(shí)概述[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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無監(jiān)督一致性聚類Consensus Clustering(一致性聚類)，無監(jiān)督聚類方法，可根據(jù)不同組學(xué)數(shù)據(jù)集將樣本區(qū)分成幾個(gè)亞型，從而發(fā)現(xiàn)新的疾病亞型或者對(duì)不同亞型進(jìn)行比較分析。 Conse...
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關(guān)聯(lián)分析(3):Apriori R語言實(shí)現(xiàn)
原文鏈接：關(guān)聯(lián)分析(3):Apriori R語言實(shí)現(xiàn) 微信公眾號(hào)：機(jī)器學(xué)習(xí)養(yǎng)成記 搜索添加微信公眾號(hào)：chenchenwings 在關(guān)聯(lián)分析(1):概念及應(yīng)用中我們介紹了關(guān)...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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如何將核酸序列轉(zhuǎn)化為蛋白氨基酸序列（web tools篇）在我們的工作中，常常會(huì)有將一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻譯成氨基酸序列的需求。如果編程基礎(chǔ)過硬的話，自己寫個(gè)代碼翻譯三聯(lián)密碼子，正義鏈和反義鏈各三個(gè)移碼閱讀框。...
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Python科學(xué)計(jì)算利器——SymPy庫
本文講述的核心庫：sympy官方在線文檔：http://docs.sympy.org/0.7.1/guide.html#guide sympy是一個(gè)Python的科學(xué)計(jì)算庫，...
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R語言與醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)圖形-【33】生存曲線、森林圖、曼哈頓圖1.生存曲線 基礎(chǔ)包survival+擴(kuò)展包survminer。 survival包內(nèi)置肺癌數(shù)據(jù)集lung。 生存曲線進(jìn)一步修飾。 其他類型生存曲線繪制。fun參數(shù)默認(rèn)pct...
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【轉(zhuǎn)載】 odds、OR和RR的計(jì)算公式和實(shí)際意義1. Odds Odds 的意思為機(jī)率、可能性，是指某事件發(fā)生的可能性(概率)與不發(fā)生的可能性（概率）之比。假如某藥物有療效的比例為p1，則無效的比為1-p1，則odds的計(jì)...
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繪制基因染色體位置圖
最近，MapGene2Chrom web v2（http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/）偶有“歇菜”，讓我們想簡(jiǎn)單的畫畫基因的染色體位置圖都不方便。在這...