@莎莉噢 不好意思剛看到，是的呀，但你需要load raw matrix，不是filtered。
用soupX對環(huán)境基因表達做估量和矯正基于液滴的單細胞捕獲方法通常其單細胞液滴也會捕獲環(huán)境基因(ambient RNA)。環(huán)境基因的表達由于并不來自barcode細胞，會導(dǎo)致基因表達矩陣計數(shù)不準確，更會影響用標記...
發(fā)簡信
IP屬地：德克薩斯州
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一個R包搞定22種單細胞基因差異分析參考文獻：Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...
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dplyr-cli：在Linux Terminal上直接執(zhí)行dplyr
熟悉R的朋友都會知道，dplyr包是對原始的數(shù)據(jù)集進行清洗、整理以及變換的有力武器之一。但是其使用會局限于你需要有打開R/R studio或者通過R腳本來執(zhí)行dplyr。對于...
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宏基因組基礎(chǔ)知識
宏基因組(metagenomics) 宏基因組學(xué)（Metagenomics）也稱為元基因組學(xué)，是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究的學(xué)科。自然界中約有99%的微生物是不能在...
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CD4 CTL:免疫系統(tǒng)中的新秀
T細胞簡述 T細胞作為機體免疫系統(tǒng)中的中流砥柱，種類眾多，跨越適應(yīng)性免疫(αβT細胞)和天然免疫(γδT細胞)。而一般我們常說的在抗感染/腫瘤免疫中起主要作用的都是αβT細胞...
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從深度學(xué)習(xí)到深度森林方法（Python）本文第一節(jié)源于周志華教授《關(guān)于深度學(xué)習(xí)的一點思考》提出深度森林的探索, 在此基礎(chǔ)上對深度森林做了原理解析并實踐。周志華教授，畢業(yè)于南京大學(xué)，歐洲科學(xué)院外籍院士，國家杰出青年基...
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異常檢測算法速覽（Python代碼）一、異常檢測簡介 異常檢測是通過數(shù)據(jù)挖掘方法發(fā)現(xiàn)與數(shù)據(jù)集分布不一致的異常數(shù)據(jù)，也被稱為離群點、異常值檢測等等。 1.1 異常檢測適用的場景 異常檢測算法適用的場景特點有：（1...
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@sxr碼 就是把三個矩陣合成一個大矩陣。
用Harmony整合單細胞數(shù)據(jù)并用LISI評估整合效果
harmony是一個非常流行的整合單細胞數(shù)據(jù)的算法，由于它的核心是用C++寫的所以相比其他的類似算法快很多，如果單細胞樣本量很大的時候推薦使用。 首先加載其文章中用到的一個示...
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localPCA選擇信號分析
文章來源：Local PCA Shows How the Effect of Population Structure Differs Along the Genome[ht...
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線性回歸、嶺回歸、Lasso回歸、ElasticNet回歸
1. 線性回歸(Linear Regression) 1.1 簡述 在統(tǒng)計學(xué)中，線性回歸（Linear Regression）是利用稱為線性回歸方程的最小平方函數(shù)對一個或多個...
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生物信息流程搭建 01 | 初識Nextflow
一、介紹 生信流程搭建一般有 Shell，Python，Galaxy等流派，為了去盡可能的了解生信流程的搭建過程及壓榨計算機性能。我這里使用 Nextflow 作為流程搭建工...
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Chr:pos，不同的mutation。
Vartrix - 對單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)做基因分型
對于不能用copy number來鑒定腫瘤細胞的癌癥類型如血液癌，可以通過該細胞是否有mutation來區(qū)分腫瘤細胞和正常細胞。注意由于單細胞測序的深度以及3'端（或5'端）...
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可以幫助區(qū)分。但由于單細胞測序大量的dropout，沒有監(jiān)測到突變的細胞并不能說是wild type，只能說是unknown。
Vartrix - 對單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)做基因分型
對于不能用copy number來鑒定腫瘤細胞的癌癥類型如血液癌，可以通過該細胞是否有mutation來區(qū)分腫瘤細胞和正常細胞。注意由于單細胞測序的深度以及3'端（或5'端）...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡介 1.1 ...
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單細胞測序用于臨床腫瘤研究的最新進展:鑒定循環(huán)抗腫瘤CD8 T細胞及功能腫瘤免疫治療是當前癌癥研究領(lǐng)域的熱點之一，而對腫瘤抗原特異性T細胞的全面分析一直是該領(lǐng)域中一項具有挑戰(zhàn)性的工作。本研究中，作者通過單細胞轉(zhuǎn)錄組+TCR測序技術(shù)對腫瘤小鼠和黑色...
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【基因組學(xué)】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結(jié)果寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應(yīng)用。 一.下載 下載鏈...
