@莎莉噢 不好意思剛看到，是的呀，但你需要load raw matrix，不是filtered。
用soupX對(duì)環(huán)境基因表達(dá)做估量和矯正基于液滴的單細(xì)胞捕獲方法通常其單細(xì)胞液滴也會(huì)捕獲環(huán)境基因(ambient RNA)。環(huán)境基因的表達(dá)由于并不來(lái)自barcode細(xì)胞，會(huì)導(dǎo)致基因表達(dá)矩陣計(jì)數(shù)不準(zhǔn)確，更會(huì)影響用標(biāo)記...
參考文獻(xiàn)：Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...
熟悉R的朋友都會(huì)知道，dplyr包是對(duì)原始的數(shù)據(jù)集進(jìn)行清洗、整理以及變換的有力武器之一。但是其使用會(huì)局限于你需要有打開(kāi)R/R studio或者通過(guò)R腳本來(lái)執(zhí)行dplyr。對(duì)于...
宏基因組(metagenomics) 宏基因組學(xué)（Metagenomics）也稱(chēng)為元基因組學(xué)，是以樣品中的微生物群落作為整體進(jìn)行研究的學(xué)科。自然界中約有99%的微生物是不能在...
T細(xì)胞簡(jiǎn)述 T細(xì)胞作為機(jī)體免疫系統(tǒng)中的中流砥柱，種類(lèi)眾多，跨越適應(yīng)性免疫(αβT細(xì)胞)和天然免疫(γδT細(xì)胞)。而一般我們常說(shuō)的在抗感染/腫瘤免疫中起主要作用的都是αβT細(xì)胞...
本文第一節(jié)源于周志華教授《關(guān)于深度學(xué)習(xí)的一點(diǎn)思考》提出深度森林的探索, 在此基礎(chǔ)上對(duì)深度森林做了原理解析并實(shí)踐。周志華教授，畢業(yè)于南京大學(xué)，歐洲科學(xué)院外籍院士，國(guó)家杰出青年基...
一、異常檢測(cè)簡(jiǎn)介 異常檢測(cè)是通過(guò)數(shù)據(jù)挖掘方法發(fā)現(xiàn)與數(shù)據(jù)集分布不一致的異常數(shù)據(jù)，也被稱(chēng)為離群點(diǎn)、異常值檢測(cè)等等。 1.1 異常檢測(cè)適用的場(chǎng)景 異常檢測(cè)算法適用的場(chǎng)景特點(diǎn)有：（1...
@sxr碼 就是把三個(gè)矩陣合成一個(gè)大矩陣。
用Harmony整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)并用LISI評(píng)估整合效果harmony是一個(gè)非常流行的整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)的算法，由于它的核心是用C++寫(xiě)的所以相比其他的類(lèi)似算法快很多，如果單細(xì)胞樣本量很大的時(shí)候推薦使用。 首先加載其文章中用到的一個(gè)示...
文章來(lái)源：Local PCA Shows How the Effect of Population Structure Differs Along the Genome[ht...
1. 線(xiàn)性回歸(Linear Regression) 1.1 簡(jiǎn)述 在統(tǒng)計(jì)學(xué)中，線(xiàn)性回歸（Linear Regression）是利用稱(chēng)為線(xiàn)性回歸方程的最小平方函數(shù)對(duì)一個(gè)或多個(gè)...
一、介紹 生信流程搭建一般有 Shell，Python，Galaxy等流派，為了去盡可能的了解生信流程的搭建過(guò)程及壓榨計(jì)算機(jī)性能。我這里使用 Nextflow 作為流程搭建工...
Chr:pos，不同的mutation。
Vartrix - 對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)做基因分型對(duì)于不能用copy number來(lái)鑒定腫瘤細(xì)胞的癌癥類(lèi)型如血液癌，可以通過(guò)該細(xì)胞是否有mutation來(lái)區(qū)分腫瘤細(xì)胞和正常細(xì)胞。注意由于單細(xì)胞測(cè)序的深度以及3'端（或5'端）...
可以幫助區(qū)分。但由于單細(xì)胞測(cè)序大量的dropout，沒(méi)有監(jiān)測(cè)到突變的細(xì)胞并不能說(shuō)是wild type，只能說(shuō)是unknown。
Vartrix - 對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)做基因分型對(duì)于不能用copy number來(lái)鑒定腫瘤細(xì)胞的癌癥類(lèi)型如血液癌，可以通過(guò)該細(xì)胞是否有mutation來(lái)區(qū)分腫瘤細(xì)胞和正常細(xì)胞。注意由于單細(xì)胞測(cè)序的深度以及3'端（或5'端）...
寫(xiě)在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺(jué)是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫(xiě)的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
寫(xiě)在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡(jiǎn)介 1.1 ...
腫瘤免疫治療是當(dāng)前癌癥研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)之一，而對(duì)腫瘤抗原特異性T細(xì)胞的全面分析一直是該領(lǐng)域中一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的工作。本研究中，作者通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+TCR測(cè)序技術(shù)對(duì)腫瘤小鼠和黑色...
寫(xiě)在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應(yīng)用。 一.下載 下載鏈...
