啊,那個(gè)harmony要設(shè)置為defaultassay嗎?
單細(xì)胞分析實(shí)錄(6): 去除批次效應(yīng)/整合數(shù)據(jù)上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程,推文的最后,注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的,就像下圖這樣,有些是可以聚到一起的亞群,卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況,比...
整合數(shù)據(jù)完后續(xù)做scale、聚類過程,要設(shè)置defaultassay為整合數(shù)據(jù)嗎?還是默認(rèn)的RNA就好呢?
單細(xì)胞分析實(shí)錄(6): 去除批次效應(yīng)/整合數(shù)據(jù)上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程,推文的最后,注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的,就像下圖這樣,有些是可以聚到一起的亞群,卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況,比...
@追風(fēng)少年i 那單獨(dú)的腫瘤樣本聚類會(huì)把腫瘤細(xì)胞聚成一類嗎?還是之前qc的時(shí)候就把大部分腫瘤細(xì)胞過濾掉了?
10X單細(xì)胞(10X空間轉(zhuǎn)錄組)數(shù)據(jù)分析之識(shí)別腫瘤細(xì)胞的CNV分析原理hello,大家好,今天我們來總結(jié)單細(xì)胞數(shù)據(jù)識(shí)別腫瘤細(xì)胞的分析原理。其中單細(xì)胞識(shí)別腫瘤細(xì)胞最大的問題在于,reference,什么細(xì)胞作為reference,上皮細(xì)胞癌變,自...