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啊，那個(gè)harmony要設(shè)置為defaultassay嗎？

單細(xì)胞分析實(shí)錄(6): 去除批次效應(yīng)/整合數(shù)據(jù)

上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況，比...

TOP生物信息

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整合數(shù)據(jù)完后續(xù)做scale、聚類過程，要設(shè)置defaultassay為整合數(shù)據(jù)嗎？還是默認(rèn)的RNA就好呢？

單細(xì)胞分析實(shí)錄(6): 去除批次效應(yīng)/整合數(shù)據(jù)

上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況，比...

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@追風(fēng)少年i 那單獨(dú)的腫瘤樣本聚類會(huì)把腫瘤細(xì)胞聚成一類嗎？還是之前qc的時(shí)候就把大部分腫瘤細(xì)胞過濾掉了？

10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之識(shí)別腫瘤細(xì)胞的CNV分析原理

hello，大家好，今天我們來總結(jié)單細(xì)胞數(shù)據(jù)識(shí)別腫瘤細(xì)胞的分析原理。其中單細(xì)胞識(shí)別腫瘤細(xì)胞最大的問題在于，reference，什么細(xì)胞作為reference，上皮細(xì)胞癌變，自...

單細(xì)胞空間交響樂

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