啊,那個harmony要設(shè)置為defaultassay嗎?
單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數(shù)據(jù)上一篇已經(jīng)講解了Seurat標準流程,推文的最后,注意到了不同樣本之間的表達數(shù)據(jù)是存在批次效應的,就像下圖這樣,有些是可以聚到一起的亞群,卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況,比...
整合數(shù)據(jù)完后續(xù)做scale、聚類過程,要設(shè)置defaultassay為整合數(shù)據(jù)嗎?還是默認的RNA就好呢?
單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數(shù)據(jù)上一篇已經(jīng)講解了Seurat標準流程,推文的最后,注意到了不同樣本之間的表達數(shù)據(jù)是存在批次效應的,就像下圖這樣,有些是可以聚到一起的亞群,卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況,比...
@追風少年i 那單獨的腫瘤樣本聚類會把腫瘤細胞聚成一類嗎?還是之前qc的時候就把大部分腫瘤細胞過濾掉了?
10X單細胞(10X空間轉(zhuǎn)錄組)數(shù)據(jù)分析之識別腫瘤細胞的CNV分析原理hello,大家好,今天我們來總結(jié)單細胞數(shù)據(jù)識別腫瘤細胞的分析原理。其中單細胞識別腫瘤細胞最大的問題在于,reference,什么細胞作為reference,上皮細胞癌變,自...