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啊，那個harmony要設(shè)置為defaultassay嗎？

單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數(shù)據(jù)

上一篇已經(jīng)講解了Seurat標準流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達數(shù)據(jù)是存在批次效應的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況，比...

TOP生物信息

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整合數(shù)據(jù)完后續(xù)做scale、聚類過程，要設(shè)置defaultassay為整合數(shù)據(jù)嗎？還是默認的RNA就好呢？

單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數(shù)據(jù)

上一篇已經(jīng)講解了Seurat標準流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達數(shù)據(jù)是存在批次效應的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況，比...

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@追風少年i 那單獨的腫瘤樣本聚類會把腫瘤細胞聚成一類嗎？還是之前qc的時候就把大部分腫瘤細胞過濾掉了？

10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之識別腫瘤細胞的CNV分析原理

hello，大家好，今天我們來總結(jié)單細胞數(shù)據(jù)識別腫瘤細胞的分析原理。其中單細胞識別腫瘤細胞最大的問題在于，reference，什么細胞作為reference，上皮細胞癌變，自...

單細胞空間交響樂

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