哥，links_dims = 0p,2p,5p,2p,2p 這個(gè)寫錯(cuò)了，是 link_dims，我說我試了半天沒反應(yīng)??
circos使用筆記circos是用來展示數(shù)據(jù)的繪圖工具，其數(shù)據(jù)展示方式主要通過配置文件來決定。不同的展示方式可通過不同的配置文件來進(jìn)行設(shè)置，如染色體整體展示，添加刻度，柱狀圖，熱圖，添加文本標(biāo)...
IP屬地：廣東
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blast主要方法使用總結(jié)（Linux）BLAST的主要理念 blast是區(qū)段比對(duì)，對(duì)于給定的兩個(gè)序列，blast會(huì)把具有相似性的片段（hit）找出來，顯示的是hit的信息。 Search may take pla...
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請(qǐng)問83和147是本身比對(duì)到負(fù)鏈，這個(gè)是否和鏈特異性建庫有關(guān)？即RF建庫和FR建庫，83和147在兩種建庫方法上是否就是反過來了。
2020-06-17 BAM文件flag的釋義
BAM文件中flag的釋義一直很含糊，看了很多官方文檔和博客都解釋得似懂非懂，今天就詳細(xì)地了解了一下，首先： 圖中有兩條記錄，其中第二列即為flag值。這個(gè)值是由多個(gè)“基本的...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對(duì) unique mapping reads
把read比對(duì)到基因組之后，需要提取唯一比對(duì)來進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對(duì)的命令，所以需要對(duì)比對(duì)結(jié)果sam文件進(jìn)行提取，可以通過sam...
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感謝分享，把第一個(gè)大括號(hào)當(dāng)成生成字典的函數(shù)就很容易理解了，因?yàn)榘凑兆值涮匦裕I名是唯一的，所以用ensg當(dāng)成鍵名，相同鍵名的fpkm相加，相同鍵名出現(xiàn)重復(fù)則次數(shù)+1，之后用END進(jìn)行求均值并輸出。
??[linux]awk按照某列分組求另一列均值
我這里先拋出問題，我手上有套數(shù)據(jù)：包含三列，第一列ensgid、第二列symbol，第三列fpkm值。數(shù)據(jù)問了老師，老師說相同的ensg對(duì)應(yīng)的fpkm值，求均值。所以針對(duì)上方...
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??[linux]awk按照某列分組求另一列均值
我這里先拋出問題，我手上有套數(shù)據(jù)：包含三列，第一列ensgid、第二列symbol，第三列fpkm值。數(shù)據(jù)問了老師，老師說相同的ensg對(duì)應(yīng)的fpkm值，求均值。所以針對(duì)上方...
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請(qǐng)問exprSet.txt文件長啥樣？有做去掉0表達(dá)的基因嗎？
GSVA自定義基因集分析
微信公眾號(hào)：研平方[#jump_10]關(guān)注可了解更多的科研教程及技巧。如有問題或建議，請(qǐng)?jiān)诠娞?hào)留言歡迎關(guān)注我：一起學(xué)習(xí)，一起進(jìn)步！[#jump_20] 已經(jīng)很久沒有再用R語...
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R語言傳參2022-08-24
R語言傳參快速使用腳本 簡(jiǎn)便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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default沒設(shè)置也不是必須參數(shù)啊，必須參數(shù)是沒有使用就會(huì)報(bào)錯(cuò)，這個(gè)不會(huì)報(bào)錯(cuò)，只是輸出NULL
R語言傳參2022-08-24
R語言傳參快速使用腳本 簡(jiǎn)便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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請(qǐng)問第三種方法用的是什么命令？是samtools bam2fq嗎？
bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進(jìn)行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法，某...
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bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進(jìn)行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法，某...
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叉_9be2 ·
感謝作者大大的分享，很全面。
不過有兩個(gè)小問題沒太懂：
1. emapper的結(jié)果文件中，不是已經(jīng)包含kegg和pathway信息了么？為什么不能直接使用，還要從kegg官網(wǎng)上下載？
2. 從kegg官網(wǎng)下載json文件的時(shí)候，是否需要下載對(duì)應(yīng)物種的？還是說那個(gè)ko00001文件包含了所有物種的信息?。?br>麻煩作者大大啦！此心安處是吾鄉(xiāng)_4929 評(píng)論自生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb -
#breaks
bk <- seq(-9,9,0.01) # len: 1801
# 做熱圖：
pheatmap(data1,
scale = "none",
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(length(bk)-1), # len: 1800
legend_breaks=seq(-9,9,1),
breaks=bk)
這樣更準(zhǔn)確更易懂，博主這個(gè)例子對(duì)初學(xué)者太難了R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧
本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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你的matrix數(shù)據(jù)median這一列為什么不刪掉，難道不是只是單純的為了去重排序而建的？
復(fù)現(xiàn)：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤程度
最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥團(tuán)的純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤程度,想復(fù)制作者的流程，但是發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)不一樣的地方，所以重新整理流程，代碼主要來自原作者Juan_NF。 文...
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歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)，可以加入微信群，一起交流溝通
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請(qǐng)問m6Amonster這個(gè)包是什么？在哪里可以搜到這個(gè)包的詳細(xì)信息？
exomePeak的使用
R：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/exomePeak.html 安裝：# 看來作者更新的挺好 ...
