孟德?tīng)栯S機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/8ac31267d3d8] 主要步驟：1. 讀取暴露因素GWAS數(shù)據(jù)選取合適...
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TwoSampleMR：兩樣本孟德?tīng)栯S機(jī)化 -
生信 | 生信人搭建數(shù)據(jù)庫(kù)的學(xué)習(xí)流程
寫(xiě)在前面 目前各種組學(xué)培訓(xùn)開(kāi)展的如火如荼，卻鮮有生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)搭建的相關(guān)教程和學(xué)習(xí)流程。原因有以下幾個(gè)： 1.學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)庫(kù)的搭建付出多，回報(bào)少。有這功夫應(yīng)該可以把大部分組學(xué)知...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對(duì)這個(gè)過(guò)程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析（初學(xué)者筆記）【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析全過(guò)程(初學(xué)者筆記) cibersort是目前引用次數(shù)最多的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)估計(jì)分析工具，2015年首次發(fā)表于nature me...
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愿你余生漫長(zhǎng)，堅(jiān)定愛(ài)一場(chǎng)
余生”二字，簡(jiǎn)單卻又蘊(yùn)含著千鈞之力，藏著對(duì)未來(lái)生活的期待，也藏著對(duì)過(guò)往情事的太多不舍。 今天給大家推薦的歌曲是由歌手王貳浪演唱的《愿你余生漫長(zhǎng)》，旋律緩緩，卻直擊心靈，讓人想...
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你考慮過(guò)computeMatrix的工作原理么?寫(xiě)在前面的話 你既然點(diǎn)進(jìn)來(lái)了，說(shuō)明你多半用過(guò)這個(gè)軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個(gè)軟件的時(shí)候，一定是趕鴨子上架：因?yàn)橐?huà)圖，所以必須會(huì)。 但你真的懂了么？ 太長(zhǎng)不看系列 對(duì)于...
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R語(yǔ)言 用Pheatmap包 簡(jiǎn)單畫(huà)相關(guān)系數(shù)熱圖包的安裝 包的導(dǎo)入 數(shù)據(jù)整理 做相關(guān)系數(shù)矩陣的時(shí)候，經(jīng)常會(huì)碰見(jiàn)有一列的數(shù)值唯一，是常數(shù)，沒(méi)有辦法進(jìn)行相關(guān)系數(shù)矩陣的運(yùn)算。解決辦法是采用jitter包，在數(shù)值矩陣的每一行加上隨...
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ggplot2畫(huà)散點(diǎn)圖拼接密度圖前幾天有一個(gè)讀者在公眾號(hào)留言問(wèn)上面這幅圖應(yīng)該如何實(shí)現(xiàn)，我想到一個(gè)辦法是利用ggplot2分別畫(huà)散點(diǎn)圖和密度圖，然后利用aplot包來(lái)拼圖，aplot包是ggtree的作者新開(kāi)...
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R包ggseqlogo |繪制序列分析圖
簡(jiǎn)介 在生物信息分析中，經(jīng)常會(huì)做序列分析圖（sequence logo），這里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA鏈中)或氨基酸(在蛋白質(zhì)序列中)。sequence logo圖...
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基因組注釋文件格式 --（一）BED文件格式
轉(zhuǎn)載：https://biozx.top/bed.html[https://biozx.top/bed.html] 參考 UCSC數(shù)據(jù)文件格式[http://genome.u...
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GDAS007-管理與處理大量BED文件title: GDAS006-管理與處理大量BED文件date: 2019-09-05 12:0:00type: "tags"tags: Bioconductorcatego...
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獲取基因組的bed、gtf注釋文件先來(lái)看一下常見(jiàn)的基因組注釋格式 bed gtf gff 需要特別注意的是，bed的每一行記錄是左閉右開(kāi)區(qū)間，并且以0作為染色體的起始；而gtf的每一行記錄是包括區(qū)間的兩端的，...
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轉(zhuǎn)錄因子
轉(zhuǎn)自iProteome，略有修改，作者：項(xiàng)杭，翻譯自2018年 CELL文章The Human Transcription Factors， 授權(quán)轉(zhuǎn)載。ScienceDire...
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motif分析——從實(shí)戰(zhàn)到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)調(diào)控研究案例（二）
本期解讀文獻(xiàn) 內(nèi)容“ 在含氧量正常的情況下，三陰乳腺癌的LncRNA LINK-A激活HIF1α信號(hào)通路 ” 一、調(diào)控通路 LncRNA LINK-A在細(xì)胞質(zhì)中與蛋白BRK...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步驟在基因組調(diào)控元件分析中，HOMER 可以用于發(fā)現(xiàn)新的motif。HOMER 通過(guò)比較兩個(gè)序列集，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
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scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR進(jìn)行整合分析（15）scATAC分析神器ArchR初探-簡(jiǎn)介（1）[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR進(jìn)...
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