孟德爾隨機化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/8ac31267d3d8] 主要步驟：1. 讀取暴露因素GWAS數(shù)據(jù)選取合適...
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TwoSampleMR：兩樣本孟德爾隨機化 -
生信 | 生信人搭建數(shù)據(jù)庫的學(xué)習(xí)流程
寫在前面 目前各種組學(xué)培訓(xùn)開展的如火如荼，卻鮮有生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫搭建的相關(guān)教程和學(xué)習(xí)流程。原因有以下幾個： 1.學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)庫的搭建付出多，回報少。有這功夫應(yīng)該可以把大部分組學(xué)知...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個過程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析（初學(xué)者筆記）【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析全過程(初學(xué)者筆記) cibersort是目前引用次數(shù)最多的免疫細(xì)胞浸潤估計分析工具，2015年首次發(fā)表于nature me...
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愿你余生漫長，堅定愛一場
余生”二字，簡單卻又蘊含著千鈞之力，藏著對未來生活的期待，也藏著對過往情事的太多不舍。 今天給大家推薦的歌曲是由歌手王貳浪演唱的《愿你余生漫長》，旋律緩緩，卻直擊心靈，讓人想...
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你考慮過computeMatrix的工作原理么?寫在前面的話 你既然點進(jìn)來了，說明你多半用過這個軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個軟件的時候，一定是趕鴨子上架：因為要畫圖，所以必須會。 但你真的懂了么？ 太長不看系列 對于...
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R語言 用Pheatmap包 簡單畫相關(guān)系數(shù)熱圖包的安裝 包的導(dǎo)入 數(shù)據(jù)整理 做相關(guān)系數(shù)矩陣的時候，經(jīng)常會碰見有一列的數(shù)值唯一，是常數(shù)，沒有辦法進(jìn)行相關(guān)系數(shù)矩陣的運算。解決辦法是采用jitter包，在數(shù)值矩陣的每一行加上隨...
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ggplot2畫散點圖拼接密度圖前幾天有一個讀者在公眾號留言問上面這幅圖應(yīng)該如何實現(xiàn)，我想到一個辦法是利用ggplot2分別畫散點圖和密度圖，然后利用aplot包來拼圖，aplot包是ggtree的作者新開...
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R包ggseqlogo |繪制序列分析圖
簡介 在生物信息分析中，經(jīng)常會做序列分析圖（sequence logo），這里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA鏈中)或氨基酸(在蛋白質(zhì)序列中)。sequence logo圖...
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基因組注釋文件格式 --（一）BED文件格式
轉(zhuǎn)載：https://biozx.top/bed.html[https://biozx.top/bed.html] 參考 UCSC數(shù)據(jù)文件格式[http://genome.u...
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GDAS007-管理與處理大量BED文件title: GDAS006-管理與處理大量BED文件date: 2019-09-05 12:0:00type: "tags"tags: Bioconductorcatego...
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獲取基因組的bed、gtf注釋文件先來看一下常見的基因組注釋格式 bed gtf gff 需要特別注意的是，bed的每一行記錄是左閉右開區(qū)間，并且以0作為染色體的起始；而gtf的每一行記錄是包括區(qū)間的兩端的，...
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轉(zhuǎn)錄因子
轉(zhuǎn)自iProteome，略有修改，作者：項杭，翻譯自2018年 CELL文章The Human Transcription Factors， 授權(quán)轉(zhuǎn)載。ScienceDire...
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motif分析——從實戰(zhàn)到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)調(diào)控研究案例（二）
本期解讀文獻(xiàn) 內(nèi)容“ 在含氧量正常的情況下，三陰乳腺癌的LncRNA LINK-A激活HIF1α信號通路 ” 一、調(diào)控通路 LncRNA LINK-A在細(xì)胞質(zhì)中與蛋白BRK...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步驟在基因組調(diào)控元件分析中，HOMER 可以用于發(fā)現(xiàn)新的motif。HOMER 通過比較兩個序列集，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
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scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR進(jìn)行整合分析（15）scATAC分析神器ArchR初探-簡介（1）[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR進(jìn)...
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