%>%是管道符的意思，把左邊的輸出（不包括 <-之前的）當(dāng)成右邊的輸入。 怎么分辨是列表，還是向量，還是數(shù)組，還是矩陣，還是數(shù)據(jù)框？ 數(shù)組和矩陣和數(shù)據(jù)框有維度，dim()一下...
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R語(yǔ)言基礎(chǔ)匯總 -
宏基因組（mNGS）簡(jiǎn)介（二）——臨床應(yīng)用和挑戰(zhàn)1、mNGS流程及步驟重點(diǎn) 在臨床實(shí)驗(yàn)室實(shí)施mNGS是一項(xiàng)復(fù)雜的工作，需要使用符合法規(guī)標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)量管理方法進(jìn)行操作。mNGS流程分為實(shí)驗(yàn)操作（濕實(shí)驗(yàn)）和生信分析（干實(shí)驗(yàn)）兩個(gè)部...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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使用LUMPY檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異
LUMPY是一款基于概率框架檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異(structure variants)的軟件, 它根據(jù)read-pair, split-read, read-depth和其他先驗(yàn)知...
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LUMPY鑒定SVLUMPY，一款鑒定SV軟件，基于read-pair, split-read, read-depth的方法。read-pair即成對(duì)兒reads比對(duì)位置是否等于插入片段長(zhǎng)度，...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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頭像女朋友╰(￣▽￣)╭<br>文章以后只會(huì)在公眾號(hào)更新：<br>哈隊(duì)長(zhǎng)的雜室
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渴望發(fā)頂刊的生態(tài)學(xué)博士<br>Nature Ecology & Evolution, 2023.<br>...
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R可視化——小提琴圖加載R包 1）設(shè)置工作目錄 2）安裝、加載R包 準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 2）處理數(shù)據(jù)、添加分組信息 使用vioplot包進(jìn)行繪圖 使用ggplot2包進(jìn)行繪制 1）基本繪圖 2）添加箱線圖...
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研究生一枚，主要研究方向?yàn)橹参飪?nèi)生菌及微生物相關(guān)內(nèi)容，公眾號(hào)【科研后花園】，主要更新內(nèi)容：1）基于R的科研繪圖；2）科研小技巧分享；3）繪圖技巧分享；4）科研網(wǎng)站分享。
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請(qǐng)問(wèn)，如何對(duì)突變的信息排序呀。我跑完的結(jié)果是，打開(kāi)IGV圖，選定區(qū)間后結(jié)果。 沒(méi)有針對(duì)中間的區(qū)域進(jìn)行base排序。
Linux IGV 自動(dòng)畫(huà)圖 -- for 自動(dòng)化報(bào)告
本著我自己能想到的別人肯定已經(jīng)做過(guò)的原則，開(kāi)始找有沒(méi)有現(xiàn)成的工具。正好gith上有一個(gè)項(xiàng)目 IGV Snapshot Automator ，可以滿足需求 git路徑： htt...
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R語(yǔ)言中如何更改R包安裝路徑
R中包的安裝位置默認(rèn)是在C盤(pán)，經(jīng)常出現(xiàn)C盤(pán)不夠用，那我們就需要吧軟件安裝在其他盤(pán)中，包括R語(yǔ)言中R。 第一步：首先查看一下自己的安裝位置,一般默認(rèn)都是在C盤(pán)，我們就可以給他的...
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1092個(gè)人類基因組遺傳變異的綜合圖譜（千人基因組計(jì)劃）這次分享的是1000基因組項(xiàng)目聯(lián)合會(huì)在2012年發(fā)表在Nature (IF:49.962, 2020) 上的文章An integrated map of genetic va...
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ggplot2 箱線圖 分面順序修改分面順序問(wèn)題的解決有張圖 默認(rèn)分面的順序是按照字母的順序進(jìn)行的，從A到Z，但是有時(shí)候我們不想這樣，如圖要是我們想 fullprofessor 在前，這個(gè)時(shí)候就有問(wèn)題了，難為了...
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R語(yǔ)言ggplot2作圖好看的配色備選配色來(lái)源于論文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2[https://www.nature.com/artic...
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70. 《Bioinformatics Data Skills》之pysam AlignmentSegment屬性
pysam包使用AlignmentFile對(duì)象存儲(chǔ)BAM/SAM文件，而通過(guò)AlignmentSegment對(duì)象存儲(chǔ)它的read子集。AlignmentSegment擁有豐富...
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創(chuàng)建函數(shù)，R語(yǔ)言求解cutoff, AUC, 95%置信區(qū)間，敏感性，特異性
cal_metrics <- function(label, pred){ roc.p=pROC::roc(label, pred,ci =T) if (roc.p$au...
