%>%是管道符的意思，把左邊的輸出（不包括 <-之前的）當成右邊的輸入。 怎么分辨是列表，還是向量，還是數(shù)組，還是矩陣，還是數(shù)據(jù)框？ 數(shù)組和矩陣和數(shù)據(jù)框有維度，dim()一下...
IP屬地：江西
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宏基因組（mNGS）簡介（二）——臨床應用和挑戰(zhàn)1、mNGS流程及步驟重點 在臨床實驗室實施mNGS是一項復雜的工作，需要使用符合法規(guī)標準的質量管理方法進行操作。mNGS流程分為實驗操作（濕實驗）和生信分析（干實驗）兩個部...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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使用LUMPY檢測結構變異
LUMPY是一款基于概率框架檢測結構變異(structure variants)的軟件, 它根據(jù)read-pair, split-read, read-depth和其他先驗知...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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R可視化——小提琴圖加載R包 1）設置工作目錄 2）安裝、加載R包 準備數(shù)據(jù) 2）處理數(shù)據(jù)、添加分組信息 使用vioplot包進行繪圖 使用ggplot2包進行繪制 1）基本繪圖 2）添加箱線圖...
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請問，如何對突變的信息排序呀。我跑完的結果是，打開IGV圖，選定區(qū)間后結果。 沒有針對中間的區(qū)域進行base排序。
Linux IGV 自動畫圖 -- for 自動化報告
本著我自己能想到的別人肯定已經(jīng)做過的原則，開始找有沒有現(xiàn)成的工具。正好gith上有一個項目 IGV Snapshot Automator ，可以滿足需求 git路徑： htt...
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R語言中如何更改R包安裝路徑
R中包的安裝位置默認是在C盤，經(jīng)常出現(xiàn)C盤不夠用，那我們就需要吧軟件安裝在其他盤中，包括R語言中R。 第一步：首先查看一下自己的安裝位置,一般默認都是在C盤，我們就可以給他的...
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1092個人類基因組遺傳變異的綜合圖譜（千人基因組計劃）這次分享的是1000基因組項目聯(lián)合會在2012年發(fā)表在Nature (IF:49.962, 2020) 上的文章An integrated map of genetic va...
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ggplot2 箱線圖 分面順序修改分面順序問題的解決有張圖 默認分面的順序是按照字母的順序進行的，從A到Z，但是有時候我們不想這樣，如圖要是我們想 fullprofessor 在前，這個時候就有問題了，難為了...
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R語言ggplot2作圖好看的配色備選配色來源于論文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2[https://www.nature.com/artic...
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70. 《Bioinformatics Data Skills》之pysam AlignmentSegment屬性
pysam包使用AlignmentFile對象存儲BAM/SAM文件，而通過AlignmentSegment對象存儲它的read子集。AlignmentSegment擁有豐富...
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創(chuàng)建函數(shù)，R語言求解cutoff, AUC, 95%置信區(qū)間，敏感性，特異性
cal_metrics <- function(label, pred){ roc.p=pROC::roc(label, pred,ci =T) if (roc.p$au...
