總說(shuō)：把坐標(biāo)點(diǎn)從excel里面導(dǎo)入到gis里，保證兩個(gè)圖層坐標(biāo)系一致，然后把你新導(dǎo)入的點(diǎn)文件，轉(zhuǎn)出來(lái)，轉(zhuǎn)成新的shp，然后多值提取到點(diǎn)即可。 1、材料：一張全球干旱指數(shù)分布t...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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Arcgis根據(jù)經(jīng)緯度批量提取屬性值 -
samtools sort & index
整理高通量測(cè)序中使用的軟件。 比對(duì)軟件產(chǎn)生的序列通常是隨機(jī)的。然而，比對(duì)后的分析步驟通常要求sam/bam文件被進(jìn)一步處理，例如在IGV查看比對(duì)結(jié)果時(shí)，常需要輸入的bam文件...
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群體變異數(shù)據(jù)vcf文件過(guò)濾概念及使用方法
標(biāo)記過(guò)濾指標(biāo)概念 miss 缺失率，即標(biāo)記缺失的比例 一般過(guò)濾0.1或者0.2；對(duì)于簡(jiǎn)化基因組的也有進(jìn)行0.5的過(guò)濾的，看具體需求了 maf 最小等位基因頻率 一般過(guò)濾0.0...
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大佬你好!想請(qǐng)教一下vcffilter命令中過(guò)濾的AB值代表什么,為什么在vcf文件表頭中沒(méi)有說(shuō)明
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老師您好，請(qǐng)問(wèn)如果我想從vcf中，每500bp范圍隨機(jī)取一個(gè)snp位點(diǎn)，這種篩選該如何實(shí)現(xiàn)呢？
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問(wèn)題，有問(wèn)題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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一文讀懂FastQC Report前言：從今天開始就開始為拼裝轉(zhuǎn)錄組做準(zhǔn)備啦，今天聽了技能樹組織的生信人論壇，感覺很有意思。特此聲明：本文所有代碼及文件經(jīng)通過(guò)本人親自實(shí)踐！絕對(duì)沒(méi)有副作用！當(dāng)然希望大家多提出寶...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第一節(jié)：Rawdata的質(zhì)量控制與清理在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拿到后，公司一般會(huì)給我們一個(gè)Rawdata和Cleandata 如果喜歡折騰的可以直接拿著Rawdata進(jìn)行一下數(shù)據(jù)清理后再進(jìn)行后期的數(shù)據(jù)分析 我們今天就對(duì)我們之...
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關(guān)于SNP的過(guò)濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過(guò)濾
前言 很多關(guān)注我這個(gè)專題的朋友都在后臺(tái)留言，說(shuō)想了解更多關(guān)于SNP過(guò)濾的東西。是的，確實(shí)這是一個(gè)比較重要的問(wèn)題。第一，過(guò)濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽(yáng)性...
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「博客翻譯」SNP過(guò)濾教程（一）原文地址: SNP Filtering Tutorial 感覺文章寫的真棒，于是就翻譯了一遍 目標(biāo) 學(xué)習(xí)如何使用VCFtools根據(jù)缺失信息，基因型深度(genotype d...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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GATK的標(biāo)準(zhǔn)里FisherStrand (FS)的閾值應(yīng)該是>60, 而非文中寫的"這個(gè)值在0-60間"吧.
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「簡(jiǎn)化基因組」如何過(guò)濾用GATK分析得到的SNPGATK官方提供了一個(gè)SNP過(guò)濾的標(biāo)準(zhǔn)，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求來(lái)過(guò)濾簡(jiǎn)化基因組中的SNP數(shù)據(jù)，也就是...
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SNP過(guò)濾時(shí)常用參數(shù)的解析（群體遺傳）關(guān)于為何要進(jìn)行SNP的過(guò)濾： 第一，低質(zhì)量和無(wú)信息的SNP會(huì)影響后續(xù)群體結(jié)構(gòu)或GWAS的分析結(jié)果，甚至影響后續(xù)對(duì)生物學(xué)問(wèn)題的解釋；第二，群體研究時(shí)，由于測(cè)序的個(gè)體較多檢測(cè)出來(lái)...
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每天讀一遍，二十天后你的情商會(huì)突飛猛進(jìn)！
每天讀一遍，二十天后你的情商會(huì)突飛猛進(jìn)！ 1.清醒時(shí)做事，糊涂時(shí)讀書，大怒時(shí)睡覺，獨(dú)處時(shí)思考。 2.話別說(shuō)太滿，人別熟太快。 3.人前不應(yīng)該說(shuō)的話，背后也別說(shuō)。 4.在最憤怒...
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別裝了！女人也是下半身動(dòng)物
我在上大學(xué)時(shí)，聽到一個(gè)女生笑著說(shuō)：“男人是下半身動(dòng)物，女人是上半身動(dòng)物”。我自慚形穢之下，又若有所思：“男人果真如此不堪？女人果真如此高尚？” 經(jīng)歷了一些男女情事，也看慣了一...
