總說：把坐標點從excel里面導入到gis里，保證兩個圖層坐標系一致，然后把你新導入的點文件，轉出來，轉成新的shp，然后多值提取到點即可。 1、材料：一張全球干旱指數(shù)分布t...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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Arcgis根據(jù)經(jīng)緯度批量提取屬性值 -
samtools sort & index
整理高通量測序中使用的軟件。 比對軟件產(chǎn)生的序列通常是隨機的。然而，比對后的分析步驟通常要求sam/bam文件被進一步處理，例如在IGV查看比對結果時，常需要輸入的bam文件...
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群體變異數(shù)據(jù)vcf文件過濾概念及使用方法
標記過濾指標概念 miss 缺失率，即標記缺失的比例 一般過濾0.1或者0.2；對于簡化基因組的也有進行0.5的過濾的，看具體需求了 maf 最小等位基因頻率 一般過濾0.0...
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大佬你好!想請教一下vcffilter命令中過濾的AB值代表什么,為什么在vcf文件表頭中沒有說明
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老師您好，請問如果我想從vcf中，每500bp范圍隨機取一個snp位點，這種篩選該如何實現(xiàn)呢？
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西澳大學生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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一文讀懂FastQC Report前言：從今天開始就開始為拼裝轉錄組做準備啦，今天聽了技能樹組織的生信人論壇，感覺很有意思。特此聲明：本文所有代碼及文件經(jīng)通過本人親自實踐！絕對沒有副作用！當然希望大家多提出寶...
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轉錄組分析實戰(zhàn)第一節(jié)：Rawdata的質量控制與清理在轉錄組數(shù)據(jù)拿到后，公司一般會給我們一個Rawdata和Cleandata 如果喜歡折騰的可以直接拿著Rawdata進行一下數(shù)據(jù)清理后再進行后期的數(shù)據(jù)分析 我們今天就對我們之...
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關于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進行SNP過濾
前言 很多關注我這個專題的朋友都在后臺留言，說想了解更多關于SNP過濾的東西。是的，確實這是一個比較重要的問題。第一，過濾到一些低質量的SNP可以防止calling一些假陽性...
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「博客翻譯」SNP過濾教程（一）原文地址: SNP Filtering Tutorial 感覺文章寫的真棒，于是就翻譯了一遍 目標 學習如何使用VCFtools根據(jù)缺失信息，基因型深度(genotype d...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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GATK的標準里FisherStrand (FS)的閾值應該是>60, 而非文中寫的"這個值在0-60間"吧.
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「簡化基因組」如何過濾用GATK分析得到的SNPGATK官方提供了一個SNP過濾的標準，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求來過濾簡化基因組中的SNP數(shù)據(jù)，也就是...
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SNP過濾時常用參數(shù)的解析（群體遺傳）關于為何要進行SNP的過濾： 第一，低質量和無信息的SNP會影響后續(xù)群體結構或GWAS的分析結果，甚至影響后續(xù)對生物學問題的解釋；第二，群體研究時，由于測序的個體較多檢測出來...
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每天讀一遍，二十天后你的情商會突飛猛進！
每天讀一遍，二十天后你的情商會突飛猛進！ 1.清醒時做事，糊涂時讀書，大怒時睡覺，獨處時思考。 2.話別說太滿，人別熟太快。 3.人前不應該說的話，背后也別說。 4.在最憤怒...
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別裝了！女人也是下半身動物
我在上大學時，聽到一個女生笑著說：“男人是下半身動物，女人是上半身動物”。我自慚形穢之下，又若有所思：“男人果真如此不堪？女人果真如此高尚？” 經(jīng)歷了一些男女情事，也看慣了一...
