本內(nèi)容為【科研私家菜】R語(yǔ)言機(jī)器學(xué)習(xí)與臨床預(yù)測(cè)模型系列課程R小鹽準(zhǔn)備介紹R語(yǔ)言機(jī)器學(xué)習(xí)與預(yù)測(cè)模型的學(xué)習(xí)筆記你想要的R語(yǔ)言學(xué)習(xí)資料都在這里， 快來(lái)收藏關(guān)注【科研私家菜】...
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R語(yǔ)言機(jī)器學(xué)習(xí)與臨床預(yù)測(cè)模型19--生存分析之Fine-Gray檢驗(yàn) -
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臨床預(yù)測(cè)模型+機(jī)器學(xué)習(xí)（R語(yǔ)言）0——1章 0、課程簡(jiǎn)介 建議先學(xué)習(xí)R語(yǔ)言有關(guān)的統(tǒng)計(jì)學(xué)課程 參數(shù)化模型和半?yún)?shù)化模型有回歸系數(shù)beta;而機(jī)器學(xué)習(xí)沒(méi)有參數(shù)。正則化技術(shù)作為變量篩選方法：包括嶺回歸、lasso...
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Seurat4.0系列教程16：多模式參考映射注釋細(xì)胞此教程介紹了將查詢數(shù)據(jù)集映射到參考數(shù)據(jù)集的過(guò)程。在此示例中，我們映射了 10X Genomics的（2，700 個(gè)PBMC）的scRNA-seq 數(shù)據(jù)集，到我們最近發(fā)表的 C...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-13-差異分析及KEGG注釋簡(jiǎn)介
劉小澤寫于19.8.7-第二單元最后一講：差異分析及KEGG注釋簡(jiǎn)介筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
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使用SCENIC分析singlecell-RNAseq實(shí)戰(zhàn)演練SCENIC全稱：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering實(shí)戰(zhàn)之前需要準(zhǔn)備的學(xué)習(xí)資料：1.閱讀關(guān)于SCE...
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「文獻(xiàn)05」深度學(xué)習(xí)應(yīng)用于基因組學(xué)的入門指導(dǎo)日期：2019年2月2日——2019-Week5分類：「綜述+資源」題目：A primer on deep learning in genomicsDOI: https://...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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詳解：基因集富集分析GSEA1） Why GSEA？ 傳統(tǒng)KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析時(shí)，如果富集到的同一通路下，既有上調(diào)差異基因，也有下調(diào)差異基因，那么這條通路總體的表現(xiàn)形式究竟是怎...
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TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書 TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡(jiǎn)書 TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析 - 簡(jiǎn)書 TCGA學(xué)習(xí)04：建模預(yù)測(cè)-cox回歸 - 簡(jiǎn)書...
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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載：多種方法及優(yōu)缺點(diǎn)介紹在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載文件有很多種方法： 一.利用R語(yǔ)言下載（本文重點(diǎn)介紹這個(gè)） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個(gè)方法??！目前沒(méi)發(fā)現(xiàn)明顯缺點(diǎn)） 方法2：RTCGAT...
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使用python處理生物信息數(shù)據(jù)（一）趁疫情被封閉在家，學(xué)習(xí)一下python，之前嘗試過(guò)看過(guò)perl的書，代碼看得我一臉懵逼，python乍看上去和藹可親多了，再加上有個(gè)師兄鼓勵(lì)和推薦學(xué)習(xí)python，找了這本書...
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TCGAbiolinks全解析
部分一 第一步、數(shù)據(jù)下載階段 第二步：GDCdownload()下載GDCquery()得到的結(jié)果 第三步、數(shù)據(jù)處理 第四步：TCGAanalyze_Preprocessin...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘TCGA數(shù)據(jù)挖掘 步驟1：安裝R包 接下來(lái)，進(jìn)行分析 關(guān)于數(shù)據(jù)種類，有count類型，肯定選count，次選才是fpkm等其它。 當(dāng)拿不到count數(shù)據(jù)時(shí)，可以采用其它的。如...
