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R語言機器學習與臨床預測模型19--生存分析之Fine-Gray檢驗 -
臨床預測模型+機器學習（R語言）0——1章 0、課程簡介 建議先學習R語言有關的統(tǒng)計學課程 參數(shù)化模型和半?yún)?shù)化模型有回歸系數(shù)beta;而機器學習沒有參數(shù)。正則化技術作為變量篩選方法：包括嶺回歸、lasso...
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Seurat4.0系列教程16：多模式參考映射注釋細胞此教程介紹了將查詢數(shù)據(jù)集映射到參考數(shù)據(jù)集的過程。在此示例中，我們映射了 10X Genomics的（2，700 個PBMC）的scRNA-seq 數(shù)據(jù)集，到我們最近發(fā)表的 C...
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單細胞轉錄組學習筆記-13-差異分析及KEGG注釋簡介
劉小澤寫于19.8.7-第二單元最后一講：差異分析及KEGG注釋簡介筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉錄組課程探索smart-seq2技術相關的分析技術課程鏈接在：http:...
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項，F(xiàn)ind...
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使用SCENIC分析singlecell-RNAseq實戰(zhàn)演練SCENIC全稱：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering實戰(zhàn)之前需要準備的學習資料：1.閱讀關于SCE...
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「文獻05」深度學習應用于基因組學的入門指導日期：2019年2月2日——2019-Week5分類：「綜述+資源」題目：A primer on deep learning in genomicsDOI: https://...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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詳解：基因集富集分析GSEA1） Why GSEA？ 傳統(tǒng)KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析時，如果富集到的同一通路下，既有上調差異基因，也有下調差異基因，那么這條通路總體的表現(xiàn)形式究竟是怎...
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TCGA學習01：數(shù)據(jù)下載與整理TCGA學習01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡書 TCGA學習02：差異分析 - 簡書 TCGA學習03：生存分析 - 簡書 TCGA學習04：建模預測-cox回歸 - 簡書...
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TCGA數(shù)據(jù)庫下載：多種方法及優(yōu)缺點介紹在TCGA數(shù)據(jù)庫下載文件有很多種方法： 一.利用R語言下載（本文重點介紹這個） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個方法??！目前沒發(fā)現(xiàn)明顯缺點） 方法2：RTCGAT...
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使用python處理生物信息數(shù)據(jù)（一）趁疫情被封閉在家，學習一下python，之前嘗試過看過perl的書，代碼看得我一臉懵逼，python乍看上去和藹可親多了，再加上有個師兄鼓勵和推薦學習python，找了這本書...
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TCGAbiolinks全解析
部分一 第一步、數(shù)據(jù)下載階段 第二步：GDCdownload()下載GDCquery()得到的結果 第三步、數(shù)據(jù)處理 第四步：TCGAanalyze_Preprocessin...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘TCGA數(shù)據(jù)挖掘 步驟1：安裝R包 接下來，進行分析 關于數(shù)據(jù)種類，有count類型，肯定選count，次選才是fpkm等其它。 當拿不到count數(shù)據(jù)時，可以采用其它的。如...
