劉小澤寫于2020.5.29這篇文章做了一件事,就是幫助我們區(qū)分不同的批次矯正方法,然后比較了一下優(yōu)劣 文章題目:Flexible comparison of batch c...
劉小澤寫于2020.5.29這篇文章做了一件事,就是幫助我們區(qū)分不同的批次矯正方法,然后比較了一下優(yōu)劣 文章題目:Flexible comparison of batch c...
批次效應(yīng)除去-GEO案例分析 最近分析來自不同平臺(tái)的GEO數(shù)據(jù),GEO分析推薦學(xué)習(xí)Jimmy大神的B站視頻,也可以學(xué)習(xí)我之前的教程。limma和sva兩種方法進(jìn)行批次效應(yīng)去除...
多種批次效應(yīng)去除的方法比較 原創(chuàng) 生信技能樹 前面我在生信技能樹推文:你確定你的差異基因找對(duì)了嗎? 提出了文章的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的60個(gè)樣品并沒有按照毒品上癮與否這個(gè)表型來區(qū)分,而...
一、什么是批次效應(yīng) 批次效應(yīng)(batch effect),表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗(yàn)期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異。批次效應(yīng)是高通量試驗(yàn)中常見的變異來源...
經(jīng)常有小伙伴問如何繪制下圖這樣代謝通路與熱圖的組合圖,其中的代謝通路一般都需要經(jīng)過“簡化合并”,而熱圖一般使用通路中部分關(guān)鍵基因的表達(dá)量差異倍數(shù)(Log2FC)進(jìn)行繪制,這樣...
前言:未成熟T細(xì)胞處于靜止?fàn)顟B(tài),這時(shí)細(xì)胞尺寸很小,到G0期時(shí)變成活躍狀態(tài)。當(dāng)抗原刺激后,T細(xì)胞受體TCR便引發(fā)了一系列的下游反應(yīng),包括招募白細(xì)胞介素2和細(xì)胞表面受體,啟動(dòng)細(xì)胞...
十二大信號(hào)通路概述 MAPK信號(hào)通路 Notch信號(hào)通路 PI3K/ALK信號(hào)通路 Hippo信號(hào)通路 RTK相關(guān)信號(hào)通路 Hedgehog信號(hào)通路...
Notch信號(hào)傳導(dǎo)通路是決定細(xì)胞命運(yùn)的最重要的通路之一。Notch通路比較復(fù)雜,主要由四部分組成:Notch受體、Notch配體、CSLDNA結(jié)合蛋白、下游靶基因。其中任何一...
典型關(guān)聯(lián)分析(Canonical Correlation Analysis,以下簡稱CCA)是最常用的挖掘數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)關(guān)系的算法之一。比如我們拿到兩組數(shù)據(jù),第一組是人身高和體重的...
歡迎來到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快樂!身體健康! 18號(hào)回家以后,經(jīng)歷了如下過程。 20號(hào) 喉嚨痛 21號(hào) 喉嚨痛 22號(hào)喉嚨痛 咳嗽 23-...
2022年6月,北得克薩斯州大學(xué)、橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室在 Plant Cell(IF=12.085)在線發(fā)表了題為“ Proteomic and metabolic distur...
好了,讓我們持續(xù)關(guān)注腸道微生物菌群(gut microbiota ,GM)。 眾所周知,目前研究宏基因組最常用方法的是擴(kuò)增子、和全基因組測序。雖然方法簡單高效,但缺點(diǎn)也是顯示...