劉小澤寫于2020.5.29這篇文章做了一件事，就是幫助我們區(qū)分不同的批次矯正方法，然后比較了一下優(yōu)劣 文章題目：Flexible comparison of batch c...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：密歇根州
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小澤看文獻(xiàn) | 用BatchBench比較scRNA批次矯正方法 -
來(lái)自不同平臺(tái)GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)除去批次效應(yīng)除去-GEO案例分析 最近分析來(lái)自不同平臺(tái)的GEO數(shù)據(jù)，GEO分析推薦學(xué)習(xí)Jimmy大神的B站視頻，也可以學(xué)習(xí)我之前的教程。limma和sva兩種方法進(jìn)行批次效應(yīng)去除...
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多種批次效應(yīng)去除的方法比較-轉(zhuǎn)自生信技能樹(shù)
多種批次效應(yīng)去除的方法比較 原創(chuàng) 生信技能樹(shù) 前面我在生信技能樹(shù)推文：你確定你的差異基因找對(duì)了嗎？ 提出了文章的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的60個(gè)樣品并沒(méi)有按照毒品上癮與否這個(gè)表型來(lái)區(qū)分，而...
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困擾的batch effect一、什么是批次效應(yīng) 批次效應(yīng)（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測(cè)量產(chǎn)生的與試驗(yàn)期間記錄的任何生物變異無(wú)關(guān)的技術(shù)差異。批次效應(yīng)是高通量試驗(yàn)中常見(jiàn)的變異來(lái)源...
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AI | 繪制通路圖與熱圖的組合圖經(jīng)常有小伙伴問(wèn)如何繪制下圖這樣代謝通路與熱圖的組合圖，其中的代謝通路一般都需要經(jīng)過(guò)“簡(jiǎn)化合并”，而熱圖一般使用通路中部分關(guān)鍵基因的表達(dá)量差異倍數(shù)（Log2FC）進(jìn)行繪制，這樣...
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文獻(xiàn)推薦—整合蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組展示T信號(hào)傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)和生物能量通路前言：未成熟T細(xì)胞處于靜止?fàn)顟B(tài)，這時(shí)細(xì)胞尺寸很小，到G0期時(shí)變成活躍狀態(tài)。當(dāng)抗原刺激后，T細(xì)胞受體TCR便引發(fā)了一系列的下游反應(yīng)，包括招募白細(xì)胞介素2和細(xì)胞表面受體，啟動(dòng)細(xì)胞...
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十二大經(jīng)典信號(hào)通路概述
十二大信號(hào)通路概述 MAPK信號(hào)通路 Notch信號(hào)通路 PI3K/ALK信號(hào)通路 Hippo信號(hào)通路 RTK相關(guān)信號(hào)通路 Hedgehog信號(hào)通路...
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Notch信號(hào)傳導(dǎo)通路Notch信號(hào)傳導(dǎo)通路是決定細(xì)胞命運(yùn)的最重要的通路之一。Notch通路比較復(fù)雜，主要由四部分組成：Notch受體、Notch配體、CSLDNA結(jié)合蛋白、下游靶基因。其中任何一...
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典型關(guān)聯(lián)分析(CCA)原理總結(jié)（轉(zhuǎn)自劉建平Pinard）
典型關(guān)聯(lián)分析(Canonical Correlation Analysis，以下簡(jiǎn)稱CCA)是最常用的挖掘數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)關(guān)系的算法之一。比如我們拿到兩組數(shù)據(jù)，第一組是人身高和體重的...
