劉小澤寫于2020.5.29這篇文章做了一件事，就是幫助我們區(qū)分不同的批次矯正方法，然后比較了一下優(yōu)劣 文章題目：Flexible comparison of batch c...
發(fā)簡信
IP屬地：密歇根州
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小澤看文獻(xiàn) | 用BatchBench比較scRNA批次矯正方法 -
來自不同平臺GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)除去批次效應(yīng)除去-GEO案例分析 最近分析來自不同平臺的GEO數(shù)據(jù)，GEO分析推薦學(xué)習(xí)Jimmy大神的B站視頻，也可以學(xué)習(xí)我之前的教程。limma和sva兩種方法進(jìn)行批次效應(yīng)去除...
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多種批次效應(yīng)去除的方法比較-轉(zhuǎn)自生信技能樹
多種批次效應(yīng)去除的方法比較 原創(chuàng) 生信技能樹 前面我在生信技能樹推文：你確定你的差異基因找對了嗎？ 提出了文章的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的60個樣品并沒有按照毒品上癮與否這個表型來區(qū)分，而...
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困擾的batch effect一、什么是批次效應(yīng) 批次效應(yīng)（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗(yàn)期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異。批次效應(yīng)是高通量試驗(yàn)中常見的變異來源...
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AI | 繪制通路圖與熱圖的組合圖經(jīng)常有小伙伴問如何繪制下圖這樣代謝通路與熱圖的組合圖，其中的代謝通路一般都需要經(jīng)過“簡化合并”，而熱圖一般使用通路中部分關(guān)鍵基因的表達(dá)量差異倍數(shù)（Log2FC）進(jìn)行繪制，這樣...
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文獻(xiàn)推薦—整合蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組展示T信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)和生物能量通路前言：未成熟T細(xì)胞處于靜止?fàn)顟B(tài)，這時細(xì)胞尺寸很小，到G0期時變成活躍狀態(tài)。當(dāng)抗原刺激后，T細(xì)胞受體TCR便引發(fā)了一系列的下游反應(yīng)，包括招募白細(xì)胞介素2和細(xì)胞表面受體，啟動細(xì)胞...
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十二大經(jīng)典信號通路概述
十二大信號通路概述 MAPK信號通路 Notch信號通路 PI3K/ALK信號通路 Hippo信號通路 RTK相關(guān)信號通路 Hedgehog信號通路...
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Notch信號傳導(dǎo)通路Notch信號傳導(dǎo)通路是決定細(xì)胞命運(yùn)的最重要的通路之一。Notch通路比較復(fù)雜，主要由四部分組成：Notch受體、Notch配體、CSLDNA結(jié)合蛋白、下游靶基因。其中任何一...
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典型關(guān)聯(lián)分析(CCA)原理總結(jié)（轉(zhuǎn)自劉建平Pinard）
典型關(guān)聯(lián)分析(Canonical Correlation Analysis，以下簡稱CCA)是最常用的挖掘數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)關(guān)系的算法之一。比如我們拿到兩組數(shù)據(jù)，第一組是人身高和體重的...
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使用metaCCA進(jìn)行單/多個SNP與多表型的典型相關(guān)性分析
歡迎來到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快樂！身體健康！ 18號回家以后，經(jīng)歷了如下過程。 20號 喉嚨痛 21號 喉嚨痛 22號喉嚨痛 咳嗽 23-...
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2022《Plant Cell》蛋白組+代謝組2022年6月，北得克薩斯州大學(xué)、橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室在 Plant Cell（IF=12.085）在線發(fā)表了題為“ Proteomic and metabolic distur...
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當(dāng)宏基因組遇見宏蛋白組好了，讓我們持續(xù)關(guān)注腸道微生物菌群（gut microbiota ，GM）。 眾所周知，目前研究宏基因組最常用方法的是擴(kuò)增子、和全基因組測序。雖然方法簡單高效，但缺點(diǎn)也是顯示...
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北京百奧益康醫(yī)藥科技有限公司是天津百奧醫(yī)藥科技有限公司的全資子公司，致力于提供前沿的單細(xì)胞組學(xué)全套解決方案，單細(xì)胞相關(guān)研發(fā)和服務(wù)團(tuán)隊位于北京亦莊。<br><br>百奧益康現(xiàn)有管理團(tuán)隊和技術(shù)團(tuán)隊具有豐富的單細(xì)胞測序服務(wù)和研發(fā)經(jīng)驗(yàn)，在單細(xì)胞研究領(lǐng)域深耕7年，曾成功領(lǐng)導(dǎo)打造了國內(nèi)領(lǐng)先的單細(xì)胞科研服務(wù)團(tuán)隊，現(xiàn)已累積150+種不同組織類型、 10,000+個樣品的10x Genomics單細(xì)胞測序經(jīng)驗(yàn),累積服務(wù)客戶發(fā)文超百篇，影響因子超千分（包括CNS頂級期刊） 。
