最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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利用Juicer v2.0掛載染色體
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（二）：上游數(shù)據(jù)的比對(duì)計(jì)數(shù)——Hisat2+ featureCounts 與 Salmon本節(jié)概覽：hisat2 + featureCounts:獲取hisat2索引文件，hisat2比對(duì)和samtools格式轉(zhuǎn)化，featureCounts計(jì)數(shù)得到counts表...
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RNA-Seq數(shù)據(jù)分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2
參考教程： Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概念及類型： 轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRN...
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【R 基礎(chǔ)】補(bǔ)充篇 轉(zhuǎn)錄組分析儲(chǔ)備1 介紹R及R Studio 右上角history，To Console選擇到左下角，To Source選擇到左上編輯器內(nèi)。 畫圖沒出圖：dev.off 包的安裝路徑：.li...
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RNA-seq入門（三）比對(duì)、輸出表達(dá)矩陣一、hisat2進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組比對(duì) 1. 首先下載參考基因組 在NCBI,UCSC和Ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)都可以下載到參考基因組，這里下載UCSC的參考基因組。 https://...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（四）使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行PPI分析首先準(zhǔn)備好前面分析的差異基因，進(jìn)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)分析頁(yè)面：https://cn.string-db.org/[https://cn.string-db.org/] 第一步...
