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  • 利用Juicer v2.0掛載染色體

    最近在搞基因組,前面contig的組裝難度不大,用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后,contig掛載成染色體,可以采用高密度遺傳連...

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    RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)(二):上游數(shù)據(jù)的比對(duì)計(jì)數(shù)——Hisat2+ featureCounts 與 Salmon

    本節(jié)概覽:hisat2 + featureCounts:獲取hisat2索引文件,hisat2比對(duì)和samtools格式轉(zhuǎn)化,featureCounts計(jì)數(shù)得到counts表...

  • RNA-Seq數(shù)據(jù)分析:cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

    參考教程: Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...

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    轉(zhuǎn)錄組分析流程

    概念及類型: 轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合,包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRN...

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    【R 基礎(chǔ)】補(bǔ)充篇 轉(zhuǎn)錄組分析儲(chǔ)備

    1 介紹R及R Studio 右上角history,To Console選擇到左下角,To Source選擇到左上編輯器內(nèi)。 畫(huà)圖沒(méi)出圖:dev.off 包的安裝路徑:.li...

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