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  • 利用Juicer v2.0掛載染色體

    最近在搞基因組,前面contig的組裝難度不大,用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后,contig掛載成染色體,可以采用高密度遺傳連...

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    RNA-seq入門實戰(zhàn)(二):上游數(shù)據(jù)的比對計數(shù)——Hisat2+ featureCounts 與 Salmon

    本節(jié)概覽:hisat2 + featureCounts:獲取hisat2索引文件,hisat2比對和samtools格式轉化,featureCounts計數(shù)得到counts表...

  • RNA-Seq數(shù)據(jù)分析:cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

    參考教程: Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...

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    轉錄組分析流程

    概念及類型: 轉錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的集合,包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRN...

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    【R 基礎】補充篇 轉錄組分析儲備

    1 介紹R及R Studio 右上角history,To Console選擇到左下角,To Source選擇到左上編輯器內。 畫圖沒出圖:dev.off 包的安裝路徑:.li...

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