1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts -
Seurat的三種單細胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細胞數(shù)據(jù)由于實驗平臺或樣本等原因會造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒有實際的生物學意義，...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復盤，發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入，想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響，我們需要對單細胞counts矩...
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【細胞互作】細胞互作/通訊（一）古語云：天下大勢，合久必分，分久必合。可見，人類在漫長的文明發(fā)展過程中總結(jié)出來：合作是提高生產(chǎn)效率最好的辦法。而細胞在多細胞生命體形成之初就已經(jīng)明白了合作的重要性，各種細胞類...
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Cell Type annotation---Cell-ID篇Cell-ID發(fā)表在NBT上面：Genesignature extraction and cell identity recognition at the single-ce...
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靈活指定R包的安裝及加載路徑在我們進行生物信息分析的過程中，有些包必須依賴舊版本的R，有些則必須在新版本的R下才能運行。然而一個服務(wù)器上R的快捷方式只能對應(yīng)單一版本的R，修改R快捷命令對應(yīng)的版本則需ro...
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單細胞數(shù)據(jù)的導入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：單細胞數(shù)據(jù)的導入與質(zhì)控 - Seurat 語言：R Author: YQ#########...
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聚類分析&maker define cluster - Seurat
######################################################## 題目：1.聚類分析&maker define cluster...
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R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
