1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫(kù)[https://tr...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts -
Seurat的三種單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)由于實(shí)驗(yàn)平臺(tái)或樣本等原因會(huì)造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒(méi)有實(shí)際的生物學(xué)意義，...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤(pán)，發(fā)現(xiàn)很多知識(shí)點(diǎn)理解并不深入，想對(duì)這些不清晰的知識(shí)點(diǎn)重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫(kù)測(cè)序深度的影響，我們需要對(duì)單細(xì)胞counts矩...
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【細(xì)胞互作】細(xì)胞互作/通訊（一）古語(yǔ)云：天下大勢(shì)，合久必分，分久必合?？梢?jiàn)，人類(lèi)在漫長(zhǎng)的文明發(fā)展過(guò)程中總結(jié)出來(lái)：合作是提高生產(chǎn)效率最好的辦法。而細(xì)胞在多細(xì)胞生命體形成之初就已經(jīng)明白了合作的重要性，各種細(xì)胞類(lèi)...
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Cell Type annotation---Cell-ID篇Cell-ID發(fā)表在NBT上面：Genesignature extraction and cell identity recognition at the single-ce...
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個(gè)人記錄而已，不盈利，不保證對(duì)錯(cuò)，不回簡(jiǎn)信
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不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書(shū)鎖了
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靈活指定R包的安裝及加載路徑在我們進(jìn)行生物信息分析的過(guò)程中，有些包必須依賴(lài)舊版本的R，有些則必須在新版本的R下才能運(yùn)行。然而一個(gè)服務(wù)器上R的快捷方式只能對(duì)應(yīng)單一版本的R，修改R快捷命令對(duì)應(yīng)的版本則需ro...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語(yǔ)言：R Author: YQ#########...
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這里是佳奧<br><br>有疑問(wèn)歡迎email或yuque平臺(tái)<br><br>專(zhuān)注多組學(xué)挖掘基因，以及非模式植物的下游注釋以及可視化工作
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學(xué)R語(yǔ)言的小辣雞
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聚類(lèi)分析&maker define cluster - Seurat
######################################################## 題目：1.聚類(lèi)分析&maker define cluster...
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https://www.yuque.com/docs/share/bc6f89aa-9de3-4482-ba9f-cd2826b706c7?# 《如何加入單細(xì)胞 腫瘤生信群》 腫瘤前沿資訊分享 腫瘤學(xué) 生物信息學(xué) 蛋白組 代謝組 多組學(xué) 病理學(xué) 會(huì)議 臨檢 精準(zhǔn)醫(yī)療與早篩 制藥 免疫 腸道微生物 統(tǒng)計(jì) 算法 AI 機(jī)器學(xué)習(xí) 分子生物學(xué) 基因編輯 腫瘤科普 開(kāi)源分析、繪圖代碼 科研思路 科研軟件 干細(xì)胞 組織學(xué)與胚胎學(xué) 發(fā)育
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這個(gè)世界流行離開(kāi)，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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R語(yǔ)言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過(guò)的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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【R】向量下標(biāo)和子集
正整數(shù)下標(biāo) 對(duì)向量x, 在后面加方括號(hào)和下標(biāo)可以訪(fǎng)問(wèn)向量的元素和子集。 設(shè)x <- c(1, 4, 6.25)。 x[2]取出第二個(gè)元素； x[2] <- 99修改第二個(gè)元素...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問(wèn)題（一）為什么是負(fù)二項(xiàng)分布？1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)推斷的難題 在RNA-seq中進(jìn)行兩組間的差異分析是最正常不過(guò)的了。 我們?cè)谄渌鼘?shí)驗(yàn)中同樣會(huì)遇到類(lèi)似的分析，通常，我們可以用方差分析判定兩組“分布”數(shù)據(jù)間...
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實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時(shí)間分析概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類(lèi)的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未經(jīng)過(guò)任何處理的Seurat對(duì)象...
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R語(yǔ)言循環(huán)多個(gè)文件畫(huà)圖生成一個(gè)or批量生成多個(gè)pdf文件
這是我第一次寫(xiě)簡(jiǎn)書(shū)上面的文章，為什么這一次提筆想記錄一下整個(gè)下午自己遇見(jiàn)問(wèn)題，解決問(wèn)題的過(guò)程，以前都是自己解決完問(wèn)題記錄在有道云筆記上就OK了，今天感覺(jué)像這樣的過(guò)程在以往的科...
