1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts -
Seurat的三種單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)由于實驗平臺或樣本等原因會造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒有實際的生物學(xué)意義，...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤，發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入，想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響，我們需要對單細(xì)胞counts矩...
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【細(xì)胞互作】細(xì)胞互作/通訊（一）古語云：天下大勢，合久必分，分久必合。可見，人類在漫長的文明發(fā)展過程中總結(jié)出來：合作是提高生產(chǎn)效率最好的辦法。而細(xì)胞在多細(xì)胞生命體形成之初就已經(jīng)明白了合作的重要性，各種細(xì)胞類...
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Cell Type annotation---Cell-ID篇Cell-ID發(fā)表在NBT上面：Genesignature extraction and cell identity recognition at the single-ce...
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個人記錄而已，不盈利，不保證對錯，不回簡信
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不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
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靈活指定R包的安裝及加載路徑在我們進(jìn)行生物信息分析的過程中，有些包必須依賴舊版本的R，有些則必須在新版本的R下才能運行。然而一個服務(wù)器上R的快捷方式只能對應(yīng)單一版本的R，修改R快捷命令對應(yīng)的版本則需ro...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語言：R Author: YQ#########...
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這里是佳奧<br><br>有疑問歡迎email或yuque平臺<br><br>專注多組學(xué)挖掘基因，以及非模式植物的下游注釋以及可視化工作
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學(xué)R語言的小辣雞
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聚類分析&maker define cluster - Seurat
######################################################## 題目：1.聚類分析&maker define cluster...
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https://www.yuque.com/docs/share/bc6f89aa-9de3-4482-ba9f-cd2826b706c7?# 《如何加入單細(xì)胞 腫瘤生信群》 腫瘤前沿資訊分享 腫瘤學(xué) 生物信息學(xué) 蛋白組 代謝組 多組學(xué) 病理學(xué) 會議 臨檢 精準(zhǔn)醫(yī)療與早篩 制藥 免疫 腸道微生物 統(tǒng)計 算法 AI 機器學(xué)習(xí) 分子生物學(xué) 基因編輯 腫瘤科普 開源分析、繪圖代碼 科研思路 科研軟件 干細(xì)胞 組織學(xué)與胚胎學(xué) 發(fā)育
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這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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【R】向量下標(biāo)和子集
正整數(shù)下標(biāo) 對向量x, 在后面加方括號和下標(biāo)可以訪問向量的元素和子集。 設(shè)x <- c(1, 4, 6.25)。 x[2]取出第二個元素； x[2] <- 99修改第二個元素...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學(xué)問題（一）為什么是負(fù)二項分布？1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計推斷的難題 在RNA-seq中進(jìn)行兩組間的差異分析是最正常不過的了。 我們在其它實驗中同樣會遇到類似的分析，通常，我們可以用方差分析判定兩組“分布”數(shù)據(jù)間...
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實驗記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
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R語言循環(huán)多個文件畫圖生成一個or批量生成多個pdf文件
這是我第一次寫簡書上面的文章，為什么這一次提筆想記錄一下整個下午自己遇見問題，解決問題的過程，以前都是自己解決完問題記錄在有道云筆記上就OK了，今天感覺像這樣的過程在以往的科...
