1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools,安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
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關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)由于實(shí)驗(yàn)平臺(tái)或樣本等原因會(huì)造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng),這種批次效應(yīng)是人為因素造成的,沒有實(shí)際的生物學(xué)意義,...
年底復(fù)盤,發(fā)現(xiàn)很多知識(shí)點(diǎn)理解并不深入,想對(duì)這些不清晰的知識(shí)點(diǎn)重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測(cè)序深度的影響,我們需要對(duì)單細(xì)胞counts矩...
古語云:天下大勢(shì),合久必分,分久必合。可見,人類在漫長(zhǎng)的文明發(fā)展過程中總結(jié)出來:合作是提高生產(chǎn)效率最好的辦法。而細(xì)胞在多細(xì)胞生命體形成之初就已經(jīng)明白了合作的重要性,各種細(xì)胞類...
Cell-ID發(fā)表在NBT上面:Genesignature extraction and cell identity recognition at the single-ce...
在我們進(jìn)行生物信息分析的過程中,有些包必須依賴舊版本的R,有些則必須在新版本的R下才能運(yùn)行。然而一個(gè)服務(wù)器上R的快捷方式只能對(duì)應(yīng)單一版本的R,修改R快捷命令對(duì)應(yīng)的版本則需ro...
###################################### 題目:?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語言:R Author: YQ#########...
######################################################## 題目:1.聚類分析&maker define cluster...
所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
正整數(shù)下標(biāo) 對(duì)向量x, 在后面加方括號(hào)和下標(biāo)可以訪問向量的元素和子集。 設(shè)x <- c(1, 4, 6.25)。 x[2]取出第二個(gè)元素; x[2] <- 99修改第二個(gè)元素...
1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)推斷的難題 在RNA-seq中進(jìn)行兩組間的差異分析是最正常不過的了。 我們?cè)谄渌鼘?shí)驗(yàn)中同樣會(huì)遇到類似的分析,通常,我們可以用方差分析判定兩組“分布”數(shù)據(jù)間...
概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性,分兩種情況:①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對(duì)象...
這是我第一次寫簡(jiǎn)書上面的文章,為什么這一次提筆想記錄一下整個(gè)下午自己遇見問題,解決問題的過程,以前都是自己解決完問題記錄在有道云筆記上就OK了,今天感覺像這樣的過程在以往的科...