以Pacific Biosciences (PacBio)公司為代表的第三代單分子實(shí)時(shí)熒光測序平臺為以測序?yàn)榛A(chǔ)的科學(xué)研究帶來了革命性的突破。目前該技術(shù)廣泛應(yīng)用于基因組Den...
以Pacific Biosciences (PacBio)公司為代表的第三代單分子實(shí)時(shí)熒光測序平臺為以測序?yàn)榛A(chǔ)的科學(xué)研究帶來了革命性的突破。目前該技術(shù)廣泛應(yīng)用于基因組Den...
Backgroud APA(alternative polyadenylation)在大多數(shù)人類基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。通過使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
曾經(jīng)我用 rMATS 進(jìn)行可變剪切分析,現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
本文主要工作:對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu),無非就是展示基因區(qū)域的組成:3’,5’-UTR,exon或展示CDS,intr...
請教一下gggenes在繪制結(jié)構(gòu)圖時(shí)調(diào)整哪個參數(shù)會一次畫幾十條,現(xiàn)在畫出來的都是這樣的
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來我們利用組合工具來提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列,要加-s 參數(shù)(能區(qū)分正反鏈...
無論是Windows,MacOS, Linux桌面的用戶,你都可以也會使用。 寫在前面 伴隨基因組測序的普及,越來越多物種的基因組測序項(xiàng)目開展并報(bào)道,為科研工作者提供了更為全...
本次筆記內(nèi)容:vsearch超簡介紹install vsearch (linux)常用command vsearch超簡介紹 usearch的可靠替代,代碼開源,沒有數(shù)據(jù)量大...
最近打算測一些干燥材料和標(biāo)本材料的淺層基因組,有些材料降解嚴(yán)重,拼接的過程可能會比較困難。由于我們的目標(biāo)主要是轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù),所以試試看能不能在拼接之前將與轉(zhuǎn)錄組無關(guān)的序列直接...