以Pacific Biosciences （PacBio）公司為代表的第三代單分子實(shí)時(shí)熒光測序平臺為以測序?yàn)榛A(chǔ)的科學(xué)研究帶來了革命性的突破。目前該技術(shù)廣泛應(yīng)用于基因組Den...
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全基因組 - 人類基因組變異分析（PacBio) （5）-- pbsv -
DaPars——APA分析3’UTR
Backgroud APA（alternative polyadenylation）在大多數(shù)人類基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。通過使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
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IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經(jīng)我用 rMATS 進(jìn)行可變剪切分析，現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化本文主要工作：對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)，無非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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gggenes基因結(jié)構(gòu)圖繪制請教一下gggenes在繪制結(jié)構(gòu)圖時(shí)調(diào)整哪個參數(shù)會一次畫幾十條，現(xiàn)在畫出來的都是這樣的
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后面繼續(xù)學(xué)習(xí) 動態(tài)規(guī)劃與圖論
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GFF文件和基因組文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來我們利用組合工具來提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 參數(shù)（能區(qū)分正反鏈...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具無論是Windows，MacOS, Linux桌面的用戶，你都可以也會使用。 寫在前面 伴隨基因組測序的普及，越來越多物種的基因組測序項(xiàng)目開展并報(bào)道，為科研工作者提供了更為全...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): vsearch
本次筆記內(nèi)容：vsearch超簡介紹install vsearch (linux)常用command vsearch超簡介紹 usearch的可靠替代，代碼開源，沒有數(shù)據(jù)量大...
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利用minimap2和samtools簡化目標(biāo)基因組拼接
最近打算測一些干燥材料和標(biāo)本材料的淺層基因組，有些材料降解嚴(yán)重，拼接的過程可能會比較困難。由于我們的目標(biāo)主要是轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)，所以試試看能不能在拼接之前將與轉(zhuǎn)錄組無關(guān)的序列直接...
