前面測(cè)試了常見的人類和小鼠的數(shù)據(jù)集，但是我自己是做植物的。如果想要運(yùn)行pySCENIC，就需要去建立自己的數(shù)據(jù)庫(kù)。關(guān)于這塊網(wǎng)上的資料，我自己也是遇到了一些問題，現(xiàn)在把自己的流...
IP屬地：臺(tái)灣
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【pySCENIC】構(gòu)建其它物種的motif數(shù)據(jù)庫(kù) -
文獻(xiàn)學(xué)習(xí)058--[sc+EndMT]豬的多器官單細(xì)胞圖譜建立的單細(xì)胞網(wǎng)站：pig single-cell atlas database[https://dreamapp.biomed.au.dk/pigatlas/]文章代碼：ht...
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【DoRothEA】單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析今天學(xué)習(xí)另外一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測(cè)工具：DoRothEA。很多文章用的也是這個(gè)工具，看起來比pySCENIC好像快很多。其實(shí)，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析本質(zhì)上是計(jì)算一種specific...
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請(qǐng)問解決了嗎
創(chuàng)建大鼠cistarget參考數(shù)據(jù)庫(kù)
運(yùn)行SCENIC做單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄因子分析時(shí)遇到一個(gè)問題，就是運(yùn)行SCENIC所需的輸入文件中需要用到cistarget database的參考motif文件，而這個(gè)在SCENI...
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廈大本科，清華生科院博士生在讀，對(duì)表觀遺傳，計(jì)算生物學(xué)，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
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可以統(tǒng)計(jì)NA的個(gè)數(shù)碼
R——按行按列計(jì)數(shù)某個(gè)值出現(xiàn)的次數(shù)
感覺使用編程語言一定要理解它的步驟含義，不然就算會(huì)使用它進(jìn)行數(shù)據(jù)的處理，也很容易就會(huì)忘記，下一次還是會(huì)琢磨不透。 有一個(gè)星期多沒有寫代碼處理數(shù)據(jù)了，昨天突然不會(huì)使用apply...
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請(qǐng)問pch是什么？
R語言可視化（十六）：PCA圖繪制
16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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一顧傾人城， 再顧傾人國(guó)
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