前面測試了常見的人類和小鼠的數(shù)據(jù)集，但是我自己是做植物的。如果想要運行pySCENIC，就需要去建立自己的數(shù)據(jù)庫。關(guān)于這塊網(wǎng)上的資料，我自己也是遇到了一些問題，現(xiàn)在把自己的流...
IP屬地：新疆
-
【pySCENIC】構(gòu)建其它物種的motif數(shù)據(jù)庫 -
文獻學(xué)習(xí)058--[sc+EndMT]豬的多器官單細胞圖譜建立的單細胞網(wǎng)站：pig single-cell atlas database[https://dreamapp.biomed.au.dk/pigatlas/]文章代碼：ht...
-
【DoRothEA】單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析今天學(xué)習(xí)另外一個轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測工具：DoRothEA。很多文章用的也是這個工具，看起來比pySCENIC好像快很多。其實，單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析本質(zhì)上是計算一種specific...
-
請問解決了嗎
創(chuàng)建大鼠cistarget參考數(shù)據(jù)庫
運行SCENIC做單細胞的轉(zhuǎn)錄因子分析時遇到一個問題，就是運行SCENIC所需的輸入文件中需要用到cistarget database的參考motif文件，而這個在SCENI...
-
廈大本科，清華生科院博士生在讀，對表觀遺傳，計算生物學(xué)，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
-
可以統(tǒng)計NA的個數(shù)碼
R——按行按列計數(shù)某個值出現(xiàn)的次數(shù)
感覺使用編程語言一定要理解它的步驟含義，不然就算會使用它進行數(shù)據(jù)的處理，也很容易就會忘記，下一次還是會琢磨不透。 有一個星期多沒有寫代碼處理數(shù)據(jù)了，昨天突然不會使用apply...
-
請問pch是什么？
R語言可視化（十六）：PCA圖繪制
16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
-
喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
-
個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
-
一顧傾人城， 再顧傾人國
-
-
