@D_K Matrix包升到 1.5-3版本試試
irGSEA:基于秩次的單細胞基因集富集分析整合框架(修訂版)一、背景 許多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
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Matrix包和Seurat包版本沒有匹配上。你的Matrix包和Seurat包的版本分別是多少?
irGSEA:基于秩次的單細胞基因集富集分析整合框架(修訂版)一、背景 許多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
一、背景 許多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
這個錯誤的原因是因為AUCell包更新了,在運行AUCell_buildRankings函數(shù)時,需要將參數(shù)splitByBlocks設置為T。我更新了irGSEA包,解決了這個問題,你可以重新安裝irGSEA包解決這個問題(devtools::install_github("chuiqin/irGSEA"))。但如果你不想更新irGSEA包的話,可以將AUCell包的版本降到1.14.0,也可以解決這個問題。
irGSEA:基于秩次的單細胞基因集富集分析整合框架(中文教程)一、背景 在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中,整合多樣本數(shù)據(jù)進行分析逐漸成為一種趨勢。越來越多的研究者趨于使用未校正批次效應后的數(shù)據(jù)進行差異基因分析。他們認為,校正批次效應后的數(shù)據(jù),會掩蓋...
一、背景 在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中,整合多樣本數(shù)據(jù)進行分析逐漸成為一種趨勢。越來越多的研究者趨于使用未校正批次效應后的數(shù)據(jù)進行差異基因分析。他們認為,校正批次效應后的數(shù)據(jù),會掩蓋...