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零基礎(chǔ)學(xué)生信入門筆記(R語言、Linux、Python、RNA-seq、單細(xì)胞測(cè)序、質(zhì)譜流式、TCGA、GEO、單細(xì)胞經(jīng)典文獻(xiàn)解讀)
醫(yī)學(xué)生零基礎(chǔ)學(xué)生信是先學(xué)Python還是先學(xué)R語言？[https://www.zhihu.com/question/432353982]如何學(xué)習(xí)R語言[https://www...
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一文讀懂SV檢測(cè)軟件Manta的結(jié)果文件Manta輸出VCF文件 Manta運(yùn)行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...
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利用aspera工具下載SRA數(shù)據(jù)參考鏈接：http://bioinfostar.com/2017/12/23/How-to-download-SRA-data-zh_CN/[http://bioinfost...
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GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我講述了很多基因數(shù)據(jù)分析的來龍去脈，雖然許多同學(xué)覺得很有幫助，但是卻缺了一個(gè)重要的環(huán)節(jié)——沒有提供實(shí)際可用的數(shù)據(jù)來實(shí)戰(zhàn)完成具體的流程，不能得...
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NGS數(shù)據(jù)比對(duì)之BWABWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/]主要是將reads比對(duì)到大型基因組上，主要功能是：序列比對(duì)。首先為大型參考基因組建立索引，然后將rea...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 TrimmomaticNGS 原始數(shù)據(jù)過濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是一個(gè)功能強(qiáng)大的數(shù)據(jù)過濾軟件。詳細(xì)說明[https://w...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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NGS數(shù)據(jù)fastq質(zhì)量檢測(cè)之FastQC拿到數(shù)據(jù)后我們首先進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估，常用工具為FastQC[https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/]...
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Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時(shí)代，作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時(shí)俱進(jìn)，也相應(yīng)地開發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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R語言繪圖——條形圖/柱狀圖直方圖又稱柱狀圖/條形圖，用來展示連續(xù)數(shù)據(jù)分布的常用工具，用來估計(jì)數(shù)據(jù)的概率分布。 1.利用hist()函數(shù)繪制 使用格式：hist(x,breaks=n,main="nam...
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R語言繪圖——散點(diǎn)圖今天學(xué)習(xí)繪制散點(diǎn)圖，重點(diǎn)是利用ggplot繪制 散點(diǎn)圖對(duì)于顯示兩個(gè)連續(xù)變量之間的關(guān)系最有用 1.利用最簡(jiǎn)單的plot工具繪制 使用格式 plot(x,y,type="p",...
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R語言入門學(xué)習(xí)4——列表
列表（list）是一種特別的對(duì)象集合，該形式結(jié)構(gòu)相比矩陣和數(shù)據(jù)框較為復(fù)雜，但是其允許復(fù)雜的各元素，因此可以儲(chǔ)存許多復(fù)雜信息。as.list() 將對(duì)象轉(zhuǎn)換為列表is.list...
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R語言入門學(xué)習(xí)3——矩陣
1.矩陣生成 matrix()函數(shù)as.matrix() 將對(duì)象強(qiáng)制轉(zhuǎn)換為矩陣is.matrix()判斷對(duì)象是否為矩陣matrix(data = NA, nrow = 1, ...
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R語言繪圖——數(shù)據(jù)可視化ggplot2 介紹和主要的參數(shù)R 有幾種用于制作圖形的系統(tǒng)，但 ggplot2 是最優(yōu)雅和最通用的系統(tǒng)之一。與大多數(shù)其他圖形包不同，ggplot2 具有基于圖形語法的底層語法，它允許您通過組合獨(dú)立組件來組...
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R語言入門學(xué)習(xí)2——字符型向量
as.character(x) 將其他類型的對(duì)象想轉(zhuǎn)換為字符型 is.character(x)判斷x是否為字符型 nchar()函數(shù)，提取字符向量中字符串的個(gè)數(shù) substr...
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R語言入門學(xué)習(xí)1——產(chǎn)生有規(guī)律的向量
1.等差數(shù)列 a:b表示從a開始，如果a b,則逐項(xiàng)-1注意 “:”運(yùn)算的優(yōu)先級(jí)高于四則運(yùn)算 2.等間隔函數(shù)seq() 使用格式:seq(from = 1, to = 1, ...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
