先收藏下，數(shù)學(xué)不好的我，還要再看看 譜聚類(lèi)（spectral clustering）是廣泛使用的聚類(lèi)算法，比起傳統(tǒng)的K-Means算法，譜聚類(lèi)對(duì)數(shù)據(jù)分布的適應(yīng)性更強(qiáng)，聚類(lèi)效果...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：貴州
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譜聚類(lèi) -
R語(yǔ)言_par()函數(shù)用法
前言:微博參與話(huà)題 #給你四年時(shí)間你也學(xué)不會(huì)生信# 轉(zhuǎn)載自：R語(yǔ)言做圖plot參數(shù)更多參考：R語(yǔ)言中plot()函數(shù)里的6種邊框R中設(shè)置圖形參數(shù)--函數(shù)par()詳解 圖形參...
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WGCNA實(shí)例分析及解讀（附代碼）WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無(wú)尺度分布?；谶@兩點(diǎn)，可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達(dá)相似性劃分為不同的模塊...
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WGCNA
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)資料集錦： 1.https://mp.weixin.qq.com/s/LvlBt_gCLEyxrpGkKkkIZA 寫(xiě)在前面：大家黏貼復(fù)制代碼的時(shí)候一定注意...
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R數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換劉小澤寫(xiě)于2018.8.27-28我們?nèi)粘Ｊ褂肦一般不會(huì)使用它的編程工作（即寫(xiě)R包的任務(wù)），許許多多的的生信函數(shù)、統(tǒng)計(jì)軟件也都是現(xiàn)成的，我們要做的最繁瑣、最耗時(shí)的工作就是對(duì)數(shù)...
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數(shù)據(jù)框data.frame----行名/列名
假設(shè)有三組數(shù)據(jù)： weight = c(150, 135, 210, 140)height = c(65, 61, 70, 65)gender = c("Fe","Fe","...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-10-乳腺癌領(lǐng)域之PAM50分類(lèi)劉小澤寫(xiě)于19.7.8-第二單元第八講：乳腺癌領(lǐng)域之PAM50分類(lèi)筆記目的：根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:/...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的一個(gè)R包，可以用來(lái)做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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【r<-差異分析】當(dāng)使用limma時(shí)，它在比較什么
差異分析流程示例與資料 基因芯片的差異表達(dá)分析主要有 構(gòu)建基因表達(dá)矩陣、構(gòu)建實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)矩陣、構(gòu)建對(duì)比模型（對(duì)比矩陣）、線性模型擬合、貝葉斯檢驗(yàn)和生成結(jié)果報(bào)表 六個(gè)關(guān)鍵步驟。 下...
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5分鐘看懂KEGG代謝通路圖
做過(guò)轉(zhuǎn)錄組的同學(xué)肯定對(duì)KEGG代謝通路圖不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代謝通路圖，ko、map等開(kāi)頭的代謝圖有啥區(qū)別？里面的點(diǎn)、線、不同顏色都代表什么含義。 KEG...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-8-聚類(lèi)算法之PCA與tSNE劉小澤寫(xiě)于19.7.5-第二單元第六講：聚類(lèi)算法之PCA與tSNE 筆記目的：根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
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請(qǐng)問(wèn)，是哪篇推文
ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個(gè)基因在不同的數(shù)據(jù)庫(kù)有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說(shuō)的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串?dāng)?shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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離散和連續(xù)
離散和連續(xù)的概念 屬性的幾種類(lèi)型 1.標(biāo)稱(chēng)屬性： 即與名稱(chēng)有關(guān)，標(biāo)稱(chēng)屬性的值是一些符號(hào)或事物的名稱(chēng)。每個(gè)取值代表某種類(lèi)別、或狀態(tài)。 舉個(gè)例子：對(duì)于人的頭發(fā)顏色這個(gè)屬性可能...
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大數(shù)據(jù)的讀取
大數(shù)據(jù)的讀取 因?yàn)閺腦ena上下載的甲基化數(shù)據(jù)太大，在讀取時(shí)遇到點(diǎn)麻煩，特定查了下有沒(méi)有什么方法可以只讀取一部分，整理如下 大家有什么好的方法，敬請(qǐng)告知~ SCANscan讀...
