1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
IP屬地：賓夕法尼亞州
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Cre小鼠的簡介與應用 -
單細胞亞群差異基因火山圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq單細胞轉(zhuǎn)錄組學已經(jīng)改變了我們表征細胞狀態(tài)的能力，但對生物學更深入的理解需要的不僅僅是對細胞進行簡單分類。 隨著測量細胞不同維度信息的新方法的出現(xiàn)，一個關鍵的分析挑戰(zhàn)是整合這些...
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Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細胞數(shù)據(jù)分析的過程中，Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進行打分常見的富集分析軟件GSVA，今天我們來看看...
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你到底想要什么樣的umap/tsne圖？隨著生物學背景知識的增加，單細胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數(shù)直接繪制的umap/tsne圖往往很難達到要求了，這就要求我們提高繪圖技...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達分析ORA、功能分類打分FCS、基于同路拓撲結構PT和基于網(wǎng)絡拓撲結構NT和基因富集分析GSEA。...
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pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（二）參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我們來講一講什么是基因富集分析 首先我們要抓住一個核心，那就是： “將我們挑出來的基因歸歸類，聚類分析，看看這些基因的功能和我們的研究是否具有...
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（RNA-seq工具比較）edgeR、limma、DESeq2三種差異表達包比較文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達4.limma包做差異表達5.DESeq2包做差異表達6.比較三種包差異表達基因篩選結果 1. 加載R包和...
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決定用四年的時間記錄自己的成長；<br>女孩子也可以努力的很漂亮；<br>喜歡的東西都很貴，所以要加油呀。<br>VX公共號：學生菌口替代表
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CITE-seq：同時測細胞表面蛋白和RNA的單細胞測序單細胞測序方法和原理系列： 1. 單細胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.itdecent.cn/p/6c5d...
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單細胞之富集分析-5：一張圖展示多組富集分析結果單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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單細胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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單細胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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什么！棒棒糖也能畫成圖？—— ggplot2繪制棒棒糖圖/啞鈴圖
歡迎關注公眾號查看原文[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247488019&idx=1&sn=f...
