一下內(nèi)容完全來(lái)自徐老師的朋友圈 【網(wǎng)上學(xué)堂】分子植物育種和科技英語(yǔ)寫(xiě)作（徐云碧）【Online Courses】Molecular Plant Breeding and Sc...
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中國(guó)農(nóng)科院徐云碧老師的一些講座
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R語(yǔ)言做冗余分析（RDA）的一個(gè)簡(jiǎn)單小例子冗余分析（redundancy analysis, RDA）自己之前也聽(tīng)過(guò)，好像是生態(tài)學(xué)研究中用的比較多，主要是用來(lái)探索環(huán)境和一些樣本指標(biāo)之間的關(guān)系。最近自己在看一些群體遺傳...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線(xiàn)性回歸的擬合值矩陣的PCA分析，也是多響應(yīng)變量（multi-...
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核心種質(zhì)篩選| 種質(zhì)資源保育的好幫手種質(zhì)資源是品種改良、新品種培育及遺傳工程的物質(zhì)基礎(chǔ)，野生近緣品種和古老的地方品種隨著長(zhǎng)時(shí)間的自然選擇及人工培育，逐漸形成獨(dú)特的優(yōu)良性狀和抵御自然災(zāi)害的特性的新品種。種質(zhì)資源越...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強(qiáng)人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個(gè)體表型的選擇...
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2023-04-07
重測(cè)序分析-使用GATK進(jìn)行SNP和INDEL檢測(cè) GATK 是 Broad 開(kāi)發(fā)的用于二代測(cè)序數(shù)據(jù)變異檢測(cè)的軟件，后續(xù)推廣到動(dòng)植物研究中，是目前最廣泛使用的變異檢測(cè)軟件。本...
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2023-04-06
將二代測(cè)序短 reads 比對(duì)到參考基因組上，并進(jìn)行排序和去重復(fù) 的等處理，用于后續(xù)的變異檢測(cè)。 part 1 軟件和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 軟件：bwa samtools picard ...
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群體遺傳中基于SNP的PCA分析
基于群體遺傳中變異信息文件VCF來(lái)分析PCA 第一種方法 可以使用plink軟件直接進(jìn)行分析 plink --vcf all_genotypegvcf_filter_remo...
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SNP數(shù)據(jù)的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 將 VCF 轉(zhuǎn)換為 arp 格式，定義population PGDspider軟件 2 導(dǎo)入Alrequin 并定義group 3 starting ...
