你好，請(qǐng)問(wèn)可以分享一下這個(gè)~/hychao/script/format_mergeFA.py么？感謝感謝！??
單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進(jìn)化樹(shù)最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹(shù)，最后出來(lái)的物種樹(shù)的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹(shù)的，然后跟老師...
最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹(shù)，最后出來(lái)的物種樹(shù)的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹(shù)的，然后跟老師...
請(qǐng)問(wèn)juicerbox調(diào)整時(shí)候，右下角的沒(méi)有掛載到染色體上的一些contig或者說(shuō)scaffold這些需要?jiǎng)h除么，move to debris選項(xiàng)沒(méi)有變化，它們應(yīng)該已經(jīng)是debris了。我試過(guò)去除掉染色體邊界，但是去不掉，只能都選中再去掉染色體邊界，這些會(huì)變成一個(gè)染色體。
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫(xiě)在前面 初始組裝經(jīng)過(guò)基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
請(qǐng)問(wèn)腳本中的up和down變量指HSP的上下游的延伸長(zhǎng)度么，這個(gè)長(zhǎng)度一般根據(jù)什么信息指定呢？
基因家族：用python處理blast結(jié)果區(qū)域延伸的問(wèn)題tblastn比對(duì)出來(lái)候選HSP區(qū)段，我們需要根據(jù)一定的基因長(zhǎng)度范圍來(lái)進(jìn)行區(qū)域延伸去重疊，然后進(jìn)行exonerate或者genewise建模。對(duì)HSP區(qū)域的延伸要考率基因的長(zhǎng)...
