本節(jié)來介紹一個ggplot2的擴展包gggenomes使用它可以輕松地對不同來源的基因數(shù)據(jù)組合成一個全面而優(yōu)雅的圖，下面讓我們來看一個小例子 安裝R包 目前gggenomes...
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gggenomes優(yōu)雅的繪制基因組圖 -
HiC-Pro的安裝要使用HiC數(shù)據(jù)就會不可避免的要使用到HiC-Pro，但是HiC-Pro是一個比較難纏的軟件，需要安裝的東西比較多，會影響的東西比較多，因此我們使用conda建立一個新環(huán)境來...
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ATAC-seq差異peaks火山圖繪制差異peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步，可以鑒定出不同樣本之間開放程度不同的DARs（Different Accessible Regions），...
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Hi-C數(shù)據(jù)分辨率的計算
我們經常困惑于多少的Hi-C數(shù)據(jù)才可以滿足分析的要求，一般認為分析A/B compartment 至少需要達到100kb的分辨率，TADs至少需要達到40kb分辨率，loo...
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ggplot2學習（四）
geom_bar() 條形圖函數(shù) 使用geom_bar()函數(shù)繪制條形圖，條形圖的高度通常表示兩種情況之一：每組中的數(shù)據(jù)的個數(shù)，或數(shù)據(jù)框中列的值，高度表示的含義是由geom_...
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RPKM、FPKM、TPM計算公式基因表達量的衡量指標有：RPKM、FPKM、TPM。 RPKM：Reads Per Kilobase Million=Reads Per Kilobase Per Milli...
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單細胞轉錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實現(xiàn)單細胞mRNA測序，需要解決2個難題：1. 一個人類細胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
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快速計算基因表達軟件：Salmon我們常見的轉錄組表達分析一般都是將reads比對至參考基因組或者轉錄組上，然后在基因或者轉錄本水平上定量表達豐度。 但最近在做小RNA分析時卻遇到了沒有參考基因組注釋文件（g...
