本節(jié)來介紹一個ggplot2的擴展包gggenomes使用它可以輕松地對不同來源的基因數(shù)據(jù)組合成一個全面而優(yōu)雅的圖,下面讓我們來看一個小例子 安裝R包 目前gggenomes...
本節(jié)來介紹一個ggplot2的擴展包gggenomes使用它可以輕松地對不同來源的基因數(shù)據(jù)組合成一個全面而優(yōu)雅的圖,下面讓我們來看一個小例子 安裝R包 目前gggenomes...
要使用HiC數(shù)據(jù)就會不可避免的要使用到HiC-Pro,但是HiC-Pro是一個比較難纏的軟件,需要安裝的東西比較多,會影響的東西比較多,因此我們使用conda建立一個新環(huán)境來...
差異peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步,可以鑒定出不同樣本之間開放程度不同的DARs(Different Accessible Regions),...
我們經常困惑于多少的Hi-C數(shù)據(jù)才可以滿足分析的要求,一般認為分析A/B compartment 至少需要達到100kb的分辨率,TADs至少需要達到40kb分辨率,loo...
geom_bar() 條形圖函數(shù) 使用geom_bar()函數(shù)繪制條形圖,條形圖的高度通常表示兩種情況之一:每組中的數(shù)據(jù)的個數(shù),或數(shù)據(jù)框中列的值,高度表示的含義是由geom_...
基因表達量的衡量指標有:RPKM、FPKM、TPM。 RPKM:Reads Per Kilobase Million=Reads Per Kilobase Per Milli...
要實現(xiàn)單細胞mRNA測序,需要解決2個難題:1. 一個人類細胞中,RNA總量大約只有10pg左右(1pg=10-12g),其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
我們常見的轉錄組表達分析一般都是將reads比對至參考基因組或者轉錄組上,然后在基因或者轉錄本水平上定量表達豐度。 但最近在做小RNA分析時卻遇到了沒有參考基因組注釋文件(g...