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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件儲(chǔ)存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會(huì)獲得單個(gè)樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對(duì)同組不同樣本進(jìn)行差異...
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snpEff注釋vcf前構(gòu)建庫(kù)的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #進(jìn)入還有java高版本的conda所屬環(huán)境snpEff #啟動(dòng) snpEff 構(gòu)建小鼠的數(shù)據(jù)庫(kù) 先進(jìn)入 snpeff-5.1-1...
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連雨不知春去，一晴方覺(jué)夏深
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Sanger 測(cè)序，NGS 測(cè)序，數(shù)據(jù)分析
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水稻染色體RNA的質(zhì)控、比對(duì)和計(jì)數(shù)首先要感謝特別特別好說(shuō)話(huà)的師姐和同門(mén)的幫助和交流，主要用到的工具是linux和NCBI 然后在整個(gè)過(guò)程中也借鑒了jimmy大神的簡(jiǎn)書(shū)貼子，鏈接：原創(chuàng)10000+生信教程大神給...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的轉(zhuǎn)化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
二代數(shù)據(jù)鑒定ncRNA軟件原理與應(yīng)用二代數(shù)據(jù)鑒定ncRNA常用軟件 目前，對(duì)于二代數(shù)據(jù)分析lncRNA的流程大致為： 目前有很多軟件可以鑒定樣本中的ncRNA，但是每一個(gè)軟件的都會(huì)有一定的假陽(yáng)性，所以最好是多個(gè)...
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featureCounts 得到的counts計(jì)算 cpm、 tpm、FPKM
一、從上游輸出文件結(jié)果中獲取基因有效長(zhǎng)度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表達(dá)矩陣最常用到的上游軟件就是featureCounts和Salmon了，在這兩類(lèi)軟件的...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來(lái)。GO指的是Gene Ontology，是基因功能?chē)?guó)際標(biāo)準(zhǔn)分類(lèi)體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
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R腳本--FeatureCounts計(jì)算reads counts 矩陣，并轉(zhuǎn)化為FPKM和TPM值
代碼如下： 使用方法如下：usage: run-featurecounts.R [--] [--help] [--bam BAM][--gtf GTF] [--output ...
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@鞏翔宇I(lǐng)brahimovic 好的，謝謝??
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
水稻的基因號(hào)大致分為兩類(lèi)，一類(lèi)是RAP號(hào)，格式為“Os-Chr-g-number”，另一類(lèi)是MSU號(hào)，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)，需要...
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STEP8:鑒定全新的lncRNA
這個(gè)時(shí)候已經(jīng)不是表達(dá)矩陣的事情了，要從新從fastq測(cè)序數(shù)據(jù)開(kāi)始。對(duì)測(cè)序后的fastq數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本的組裝?；诮M裝后的轉(zhuǎn)錄本，通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)注釋去掉編碼蛋白質(zhì)的mRNA以及數(shù)據(jù)...
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lncRNA分析
處理原始數(shù)據(jù)文件 rawdata質(zhì)控 統(tǒng)計(jì)cleandatabase 建立索引 hisat2比對(duì) 排序 統(tǒng)計(jì)比對(duì)率 stringTie組裝 合并轉(zhuǎn)錄本 定量 ballgrow...
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您好，我的cuffcompare得到的Tmp文件的FPKM值都為0，這是為什么呢？
3.0 轉(zhuǎn)錄本比對(duì)組裝HISAT2+StringTie+cuffcompare
HISAT2 下載參考基因組：Sbicolor_454_v3.0.1.fa sbi301（Phytozome） StringTie 參考文章： https://www.bio...
