我們拿到的觀測數(shù)據(jù)常常是有缺失值的，有時候基于數(shù)據(jù)分布是可以預測缺失值。有時候卻是不能，比如缺失值太多，數(shù)據(jù)量太小。因此，計算相關(guān)性時需要考慮到缺失值的使用。在R中的基礎函數(shù)...
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R x相關(guān)性計算時缺失值的處理
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R將一列拆分為幾列的方法
例如我們需要將一下數(shù)據(jù)的第二列從and處拆分為兩列： attr type1 1 foo_and_bar2 30 foo_and_bar_23 ...
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R語言可視化學習筆記之ggpubr包Hadley Wickham創(chuàng)建的可視化包ggplot2可以流暢地進行優(yōu)美的可視化，但是如果要通過ggplot2定制一套圖形，尤其是適用于雜志期刊等出版物的圖形，對于那些沒有...
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全解TOmicsVis完美應用于轉(zhuǎn)錄組可視化R包1. TOmicsVis R包簡介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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一文學會單細胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（一）一、什么是Cell Ranger？ Cell Ranger 是一組分析管道，用于處理 Chromium 單細胞數(shù)據(jù)，將fastq原始數(shù)據(jù)經(jīng)過比對等、生成表達定量矩陣、執(zhí)行聚類...
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scRNA-Seq | Seurat 安裝和輸入數(shù)據(jù)類型
一、安裝及載入 1.直接安裝 BiocManager 安裝 devtools 安裝 conda 安裝如果上述步驟嘗試不可行，請嘗試下面方法用 conda 安裝 R 及 Seu...
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三分鐘快速搭建Vue2+webpack項目三分鐘快速搭建Vue2+webpack項目 項目目錄 如下圖： 圖1 其中： 【package.json】：對項目進行描述，包括項目的基本信息、依賴模塊的版本信息等等； 注意...
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KOBAS3-docker終于跑起來了。
前言：Docker安裝成功了Kobas下載成功了，也load成功了無意間的操作，竟然跑成功了。呵呵 在成功跑起來之前，一直沒有運行映射命令。 如果沒有運行上面的映射命令。運行...
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DNA甲基化分析④去重復＆計算胞嘧啶的甲基化值
1、去除冗余的reads 結(jié)果： 2、將bam文件轉(zhuǎn)化為sam文件 結(jié)果： 3、計算每個胞嘧啶的甲基化值 結(jié)果：
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DNA甲基化分析③使用bismark比對
1、將參考基因組進行重亞硫酸鹽的預處理轉(zhuǎn)換 結(jié)果： 2、將數(shù)據(jù)比對到已經(jīng)轉(zhuǎn)化了的參考基因組上 一次處理單個樣本： 一次處理多個樣本： ps:--genome /路徑/ref...
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DNA甲基化分析②數(shù)據(jù)質(zhì)控質(zhì)控原則 好的結(jié)果需要好的數(shù)據(jù)。原始下機測序數(shù)據(jù)(raw data)中，有些reads包含有測序接頭序列，這些序列不屬于測序物種中的原有序列，因此質(zhì)控過程中需要剪切去除。同時...
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bismark甲基化測序數(shù)據(jù)（WGBS、RRBS）處理流程傻瓜教學-bismark前期準備對自己這段時間魔鬼式修行l(wèi)inux的總結(jié)因為自己是小白，所以寫了小白也能看懂的傻瓜教程（第一次寫教程，有錯還請大佬們指出） 1、數(shù)據(jù)下載 bismark要求fastq的數(shù)據(jù)格...
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DNA甲基化分析①數(shù)據(jù)及軟件準備
（上接Mimiconda的安裝與配置） 1、上傳和下載數(shù)據(jù) 創(chuàng)建WGBS文件夾用來存放測序數(shù)據(jù)和參考基因組序列數(shù)據(jù) 下載參考基因組和注釋文件 Gencode數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站地址：h...
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DNA甲基化數(shù)據(jù)分析(二)DSS是一個R包，對基于計數(shù)的測序數(shù)據(jù)進行差異分析。 它可以檢測來自RNA-seq的差異表達基因（DEG），以及來自亞硫酸氫鹽測序（BS-seq）的差異甲基化位點或區(qū)域（DM...
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Bismark Bisulfite Mapper學習筆記（一）數(shù)據(jù)預處理官方手冊（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs[https://github...
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ChAMP分析甲基化芯片數(shù)據(jù)-差異分析上篇
經(jīng)過預處理之后的數(shù)據(jù)，就可以進行差異分析了。對于甲基化芯片而言，有兩個方面的差異分析 DMP 差異甲基化探針 DMR 差異甲基化區(qū)域 在ChAMP包中，champ.DMP函數(shù)...
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ChAMP 分析甲基化芯片數(shù)據(jù)-差異分析下篇
對于甲基化芯片的差異分析，除了有探針水平的差異分析，還有差異甲基化區(qū)域DMR分析。 差異甲基化區(qū)域的示意圖如下： 該圖片來自Bumphunter的文獻，圖中綠色矩形代表的就是...
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R語言 -- 尋找差異甲基化區(qū)域（DMR）-- DSS 包
最好的文檔其實還是官方文檔。。。http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DSS/inst/doc/DS...