發(fā)簡信
IP屬地：上海
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二代與第三代數(shù)據(jù)的可變剪切分析軟件——lr2rmatslr2rmats lr2rmats 基于Snakemake[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable...
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R: ggtree導(dǎo)讀 ggtree由R語言大神Y叔紙筆，于2018年發(fā)表在Molecular Biology and Evolution雜志上，現(xiàn)引用已達(dá)407...
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circRNA鑒定工具之circRNA_finder
circRNA_finder是一款環(huán)狀RNA預(yù)測軟件，在對果蠅的研究中采用該軟件進(jìn)行了環(huán)狀RNA的預(yù)測，該軟件的源代碼托管在github上，網(wǎng)址...
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circRNA鑒定工具之find_circ1. find_circ鑒定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根據(jù)Bowtie2比對結(jié)果，從沒有比對到參...
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circRNA鑒定工具之CIRCexplorer2環(huán)狀RNA的識別包含了序列比對和環(huán)狀RNA預(yù)測兩步，該軟件目前更新到了v2版本，相比v1版本，用法有較大變化。在v1版本中只支持tophat-f...
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circRNA鑒定工具之CIRIquant在RNA-seq中針對circRNA的鑒定與定量的綜合性分析方法——CIRIquant CIRIquant 與其他同類算法相比，其在鑒定circ...
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circRNA鑒定工具之CIRI與CIRI2在最初的環(huán)狀RNA研究中，認(rèn)為環(huán)狀RNA都是由exon通過反向剪切構(gòu)成的,稱之為exonic circRNA，只有這樣的環(huán)狀RNA能夠由PCR反...
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差異表達(dá)基因分析軟件：EBSeq
EBSeq TPR relatively independent of sample size and presence of outliers...
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circRNA差異分析工具: DEBKS獨特的環(huán)狀結(jié)構(gòu)讓二代測序較短的讀長限制了對其鑒定以及定量，目前僅僅依靠其反向剪切序列；另外，環(huán)狀RNA的表達(dá)總是與來源基因（host gene）...