公眾號(hào) R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關(guān)注
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二代與第三代數(shù)據(jù)的可變剪切分析軟件——lr2rmatslr2rmats lr2rmats 基于Snakemake[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/]進(jìn)行分析，可利用三代和二代...
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流程沒(méi)問(wèn)題的，可能是你python版本使用問(wèn)題，或者沒(méi)有安裝numpy
circRNA鑒定工具之find_circ
1. find_circ鑒定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根據(jù)Bowtie2比對(duì)結(jié)果，從沒(méi)有比對(duì)到參考序列的 reads 的兩端各...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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maSigpro建模代碼分析之make.design.matrix前言 之前我們介紹了maSigpro的基本建模方式：分析時(shí)間序列的RNA-seq tool[http://www.itdecent.cn/p/ad76dcfdf840]，這...
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R: ggtree導(dǎo)讀 ggtree由R語(yǔ)言大神Y叔紙筆，于2018年發(fā)表在Molecular Biology and Evolution雜志上，現(xiàn)引用已達(dá)407（2019.10.10 goo...
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circRNA鑒定工具之circRNA_finder
circRNA_finder是一款環(huán)狀RNA預(yù)測(cè)軟件，在對(duì)果蠅的研究中采用該軟件進(jìn)行了環(huán)狀RNA的預(yù)測(cè)，該軟件的源代碼托管在github上，網(wǎng)址如下 https://gith...
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circRNA鑒定工具之find_circ1. find_circ鑒定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根據(jù)Bowtie2比對(duì)結(jié)果，從沒(méi)有比對(duì)到參考序列的 reads 的兩端各...
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circRNA鑒定工具之CIRCexplorer2環(huán)狀RNA的識(shí)別包含了序列比對(duì)和環(huán)狀RNA預(yù)測(cè)兩步，該軟件目前更新到了v2版本，相比v1版本，用法有較大變化。在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR兩款軟件進(jìn)...
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circRNA鑒定工具之CIRIquant在RNA-seq中針對(duì)circRNA的鑒定與定量的綜合性分析方法——CIRIquant CIRIquant 與其他同類算法相比，其在鑒定circRNA的過(guò)程中降低了假陽(yáng)性率。...
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circRNA鑒定工具之CIRI與CIRI2在最初的環(huán)狀RNA研究中，認(rèn)為環(huán)狀RNA都是由exon通過(guò)反向剪切構(gòu)成的,稱之為exonic circRNA，只有這樣的環(huán)狀RNA能夠由PCR反應(yīng)驗(yàn)證出來(lái)的。 CIRI是一款...
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差異表達(dá)基因分析軟件：EBSeq
EBSeq TPR relatively independent of sample size and presence of outliers. Poor FDR cont...
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circRNA差異分析工具: DEBKS獨(dú)特的環(huán)狀結(jié)構(gòu)讓二代測(cè)序較短的讀長(zhǎng)限制了對(duì)其鑒定以及定量，目前僅僅依靠其反向剪切序列；另外，環(huán)狀RNA的表達(dá)總是與來(lái)源基因（host gene）線性RNA的表達(dá)糾纏不清，讓我...
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構(gòu)建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)目前只支持19個(gè)物種，如果要對(duì)這些物種之外的物種進(jìn)行富集分析則需要自己構(gòu)建orgDb物種包。 1.首先安裝eggnog-m...
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eggnog-mapper功能注釋資料來(lái)源應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程[http://www.itdecent.cn/p/e646c0fa6443] 1. eggnog-mapper介...
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circlize(R package) ：circRNA與其靶miRNA的可視化circRNA可以作為sponge吸附大量的miRNA，從而調(diào)控下游基因的表達(dá)。對(duì)circRNA-miRNA結(jié)合的可視化我們可以通過(guò) circlize[https://jok...
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facet_wrap()與facet_grid()facet_grid()形成由行和列面化變量定義的面板矩陣。當(dāng)有兩個(gè)離散變量，并且這些變量的所有組合存在于數(shù)據(jù)中時(shí)，它是最有用的。如果只有一個(gè)具有多個(gè)級(jí)別的變量，請(qǐng)嘗試fac...
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R語(yǔ)言數(shù)據(jù)處理包dplyr、tidyr筆記
dplyr包是Hadley Wickham的新作，主要用于數(shù)據(jù)清洗和整理，該包專注dataframe數(shù)據(jù)格式，從而大幅提高了數(shù)據(jù)處理速度，并且提供了與其它數(shù)據(jù)庫(kù)的接口；tid...
