新知識(shí)+1
gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載&使用annovar注釋Part1: gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載 上一篇文章已經(jīng)講解了gnomAD的flagship paper，文章中新建的評(píng)估基因?qū)LoF突變?nèi)淌芰Φ哪Ｐ汀狶OEU...
IP屬地：上海
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BiomaRt-進(jìn)行人基因到小鼠基因的ID轉(zhuǎn)換下載安裝包 把自己想轉(zhuǎn)換的人的基因名合并成建立一個(gè)向量 使用這個(gè)包的函數(shù)getLDS 運(yùn)行后得到下面結(jié)果 有個(gè)問(wèn)題是有個(gè)人的基因在這個(gè)庫(kù)里沒(méi)有找到 "GNLY"；沒(méi)有搞清楚...
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gnomAD系列文章總結(jié)(2) -- 《Landscape of multi-nucleotide variants in 125,748 human exomes and 15,708 gen...距離上一篇文章的解讀已經(jīng)過(guò)了一年，我又有機(jī)會(huì)拿gnomAD的文章講組會(huì)文獻(xiàn)分享了（狗頭）（其實(shí)這篇文章六一就寫(xiě)好了，但是當(dāng)時(shí)要發(fā)的時(shí)候簡(jiǎn)書(shū)在系統(tǒng)維護(hù)。。。過(guò)兩天就忘記提交了。...
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METASOFT使用教程Meta回歸分析的原理 Meta回歸分析可評(píng)價(jià)研究間異質(zhì)性的大小及來(lái)源。假如一項(xiàng)元分析納入了20項(xiàng)研究，其中一些研究發(fā)現(xiàn)體育鍛煉能改善抑郁癥狀，一些發(fā)現(xiàn)體育鍛煉對(duì)抑郁情緒沒(méi)有...
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如果不滿(mǎn)懷希望，那滿(mǎn)懷什么呢！
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機(jī)器學(xué)習(xí)：11. SVM支持向量機(jī)（上）1 概述 支持向量機(jī)（SVM，也稱(chēng)為支持向量網(wǎng)絡(luò)），是機(jī)器學(xué)習(xí)中獲得關(guān)注最多的算法沒(méi)有之一。從實(shí)際應(yīng)用來(lái)看，在生物科學(xué)的尖端研究中，人們使用支持向量機(jī)來(lái)識(shí)別用于模型預(yù)測(cè)的各種...
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謝謝鼓勵(lì)！能幫到別人我也很開(kāi)心！
gnomAD系列文章總結(jié)(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...
2020年5月，gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)在Nature及其子刊上發(fā)了一個(gè)特刊，共7篇文章（不算評(píng)論和新聞） 特刊鏈接：https://www.nature.com/immersiv...
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嗯嗯，感覺(jué)后來(lái)也沒(méi)啥人用這個(gè)軟件做WES的CNV分析，反正是在嘗試階段，就啥都試試唄??
工具安裝及試用總結(jié)：對(duì)WES數(shù)據(jù)做germline的CNV calling（非癌癥的疾病研究）（未完。。。）
發(fā)現(xiàn)好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時(shí)關(guān)于版本的問(wèn)題調(diào)試比較多。。。所以想把自己遇到的報(bào)錯(cuò)貼出來(lái)，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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ggplot2-根據(jù)group給橫坐標(biāo)排序目標(biāo)：不受x軸變量名的影響，用group信息給橫坐標(biāo)進(jìn)行排序 數(shù)據(jù)表：variable（樣本名）；value（值，想畫(huà)箱線(xiàn)圖）；batch_melt（批次分類(lèi)，即group）...
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gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載&使用annovar注釋Part1: gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載 上一篇文章已經(jīng)講解了gnomAD的flagship paper，文章中新建的評(píng)估基因?qū)LoF突變?nèi)淌芰Φ哪Ｐ汀狶OEU...
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gnomAD系列文章總結(jié)(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...2020年5月，gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)在Nature及其子刊上發(fā)了一個(gè)特刊，共7篇文章（不算評(píng)論和新聞） 特刊鏈接：https://www.nature.com/immersiv...
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工具安裝及試用總結(jié)：對(duì)WES數(shù)據(jù)做germline的CNV calling（非癌癥的疾病研究）（未完。。。）
發(fā)現(xiàn)好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時(shí)關(guān)于版本的問(wèn)題調(diào)試比較多。。。所以想把自己遇到的報(bào)錯(cuò)貼出來(lái)，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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心有明月，諸事無(wú)悔。愿執(zhí)螢火，仰望星空。已轉(zhuǎn)生活號(hào)。
