新知識(shí)+1
gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載&使用annovar注釋Part1: gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載 上一篇文章已經(jīng)講解了gnomAD的flagship paper,文章中新建的評(píng)估基因?qū)LoF突變?nèi)淌芰Φ哪P汀狶OEU...
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下載安裝包 把自己想轉(zhuǎn)換的人的基因名合并成建立一個(gè)向量 使用這個(gè)包的函數(shù)getLDS 運(yùn)行后得到下面結(jié)果 有個(gè)問(wèn)題是有個(gè)人的基因在這個(gè)庫(kù)里沒(méi)有找到 "GNLY";沒(méi)有搞清楚...
距離上一篇文章的解讀已經(jīng)過(guò)了一年,我又有機(jī)會(huì)拿gnomAD的文章講組會(huì)文獻(xiàn)分享了(狗頭)(其實(shí)這篇文章六一就寫(xiě)好了,但是當(dāng)時(shí)要發(fā)的時(shí)候簡(jiǎn)書(shū)在系統(tǒng)維護(hù)。。。過(guò)兩天就忘記提交了。...
Meta回歸分析的原理 Meta回歸分析可評(píng)價(jià)研究間異質(zhì)性的大小及來(lái)源。假如一項(xiàng)元分析納入了20項(xiàng)研究,其中一些研究發(fā)現(xiàn)體育鍛煉能改善抑郁癥狀,一些發(fā)現(xiàn)體育鍛煉對(duì)抑郁情緒沒(méi)有...
1 概述 支持向量機(jī)(SVM,也稱(chēng)為支持向量網(wǎng)絡(luò)),是機(jī)器學(xué)習(xí)中獲得關(guān)注最多的算法沒(méi)有之一。從實(shí)際應(yīng)用來(lái)看,在生物科學(xué)的尖端研究中,人們使用支持向量機(jī)來(lái)識(shí)別用于模型預(yù)測(cè)的各種...
謝謝鼓勵(lì)!能幫到別人我也很開(kāi)心!
gnomAD系列文章總結(jié)(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...2020年5月,gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)在Nature及其子刊上發(fā)了一個(gè)特刊,共7篇文章(不算評(píng)論和新聞) 特刊鏈接:https://www.nature.com/immersiv...
嗯嗯,感覺(jué)后來(lái)也沒(méi)啥人用這個(gè)軟件做WES的CNV分析,反正是在嘗試階段,就啥都試試唄??
工具安裝及試用總結(jié):對(duì)WES數(shù)據(jù)做germline的CNV calling(非癌癥的疾病研究)(未完。。。)發(fā)現(xiàn)好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時(shí)關(guān)于版本的問(wèn)題調(diào)試比較多。。。所以想把自己遇到的報(bào)錯(cuò)貼出來(lái),方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
目標(biāo):不受x軸變量名的影響,用group信息給橫坐標(biāo)進(jìn)行排序 數(shù)據(jù)表:variable(樣本名);value(值,想畫(huà)箱線(xiàn)圖);batch_melt(批次分類(lèi),即group)...
Part1: gnomAD-LOEUF數(shù)據(jù)下載 上一篇文章已經(jīng)講解了gnomAD的flagship paper,文章中新建的評(píng)估基因?qū)LoF突變?nèi)淌芰Φ哪P汀狶OEU...
2020年5月,gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)在Nature及其子刊上發(fā)了一個(gè)特刊,共7篇文章(不算評(píng)論和新聞) 特刊鏈接:https://www.nature.com/immersiv...
發(fā)現(xiàn)好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時(shí)關(guān)于版本的問(wèn)題調(diào)試比較多。。。所以想把自己遇到的報(bào)錯(cuò)貼出來(lái),方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...