記錄下小編自己可能用到的小腳本 （1）fasta轉(zhuǎn)phylip格式 用法：python fa2phy.py seq.fasta seq.phy （2）fastq轉(zhuǎn)fast...
IP屬地：海南
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一些常用小腳本記錄
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單細(xì)胞ChIP-seq方法的比較寫在前面的廢話 這篇文章來自于一個(gè)舔狗的悲哀，謹(jǐn)以此文告訴大家莫當(dāng)舔狗…… 以上聊天記錄，就是整個(gè)故事背景。當(dāng)時(shí)我的內(nèi)心歷程： 我看過類似的文章欸，趕緊發(fā)出來展現(xiàn)一下我的閱讀...
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fastp：數(shù)據(jù)質(zhì)控 + 過濾
之前都是用 fastqc+trimmomatic進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾，但是fastp更方便也更快，而且可以一次完成質(zhì)控過濾和出圖。 1. Fastp 軟件安裝 可以直接用con...
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高通量測(cè)序之Adapor設(shè)計(jì)首先我們要知道自己設(shè)計(jì)Adaptor的意義，為了將試劑盒中的Adaptor添加到我們的DNA序列上 自己設(shè)計(jì)的Adaptor可以在酶切的時(shí)候加上 以單端加Adaptor為例 ...
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得到featurecounts文件以后的分析本次采用的是GSE66507的數(shù)據(jù)文件 前期使用trim進(jìn)行數(shù)據(jù)清洗，STAR進(jìn)行比對(duì)，featurecounts進(jìn)行計(jì)數(shù)分析 Length 該區(qū)間的長(zhǎng)度，最后一列的表頭是你...
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2022-01-27參考：生物信息學(xué)100個(gè)基礎(chǔ)問題——第1~ 5題 答案公布 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/34957915] 掌...
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生信地基系列--生物信息ID的轉(zhuǎn)換
1.同物種ID的轉(zhuǎn)換 Gene id 轉(zhuǎn)換(四種基因各種id轉(zhuǎn)換方法)_易易歡歡的博客-CSDN博客_gene id轉(zhuǎn)換[https://blog.csdn.net/weix...
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好的，謝謝，學(xué)到啦??
生信Linux常用命令（更新中）
一、壓縮和解壓縮 1.“.tar.gz”結(jié)尾的文件: tar tar -cf newfile.tar file1 file2#將file1，file2文件打包到newfile...
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grabseqs——批量下載sra數(shù)據(jù)并直接轉(zhuǎn)換為fastq文件的工具文章：grabseqs: simple downloading of reads and metadata from multiple next-generation seq...
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傳統(tǒng)DNA建庫
（1）將待測(cè)序的DNA分子用超聲波打碎成200-500bp長(zhǎng)的序列片段 （2）將打碎后的基因組進(jìn)行末端補(bǔ)平 （3）在補(bǔ)平后的片段3’端加A和5’端進(jìn)行磷酸化 （4）對(duì)修復(fù)后的...
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基因ID轉(zhuǎn)換
#BiocManager::install("clusterProfiler") #BiocManager::install("org.Hs.eg.db") library(...
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Strand-specific single-cell methylomics reveals distinct modes of DNA demethylation dynamics duri...
題目Strand-specific single-cell methylomics reveals distinct modes of DNA demethylation ...
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Bilineage embryo-like structure from EPS cells can produce live mice with tetraploid trophectoderm題目Bilineage embryo-like structure from EPS cells can produce live mice with tetraploid...
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Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos
題目： Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplanta...
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生信Linux常用命令（更新中）
一、壓縮和解壓縮 1.“.tar.gz”結(jié)尾的文件: tar tar -cf newfile.tar file1 file2#將file1，file2文件打包到newfile...
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linux正則表達(dá)式學(xué)習(xí)1.通配符也叫文件名替換，它主要是作用于匹配文件名，常用命令是ls、find、cp、mv； 2.正則表達(dá)式主要是作用于匹配文件中的字符串,常用命令命令是grep、awk、se...
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2022-07-12 Seurat復(fù)習(xí)
基本流程：數(shù)據(jù)導(dǎo)入，QC去除低質(zhì)量細(xì)胞，歸一化，由于矩陣過于稀疏所以選取top1000~2000，對(duì)每個(gè)基因進(jìn)行zscore，線性降維和非線性降維，聚類（基于線性降維的結(jié)果進(jìn)...
