實例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關(guān)的基因集 一、確定目標通路 打開KEGG選擇pathway，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞。 篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728...
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R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG） -
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AUCell：計算單細胞轉(zhuǎn)錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
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單細胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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單細胞分析之細胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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IL-17在腫瘤發(fā)展中的作用
簡介 我們今天要介紹的信號通路主角是白細胞介素IL-17，IL-17家族是由IL-17A-F組成的細胞因子的一個子集，IL-17是一種有效的促炎細胞因子，在多種腫瘤中已被證實...
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R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點是在線爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信，但是缺點也是網(wǎng)絡(luò)問題，網(wǎng)絡(luò)差點就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
