實(shí)例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關(guān)的基因集 一、確定目標(biāo)通路 打開KEGG選擇pathway，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞。 篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728...
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R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG） -
單細(xì)胞之富集分析-6：PROGENy單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-4：NicheNet常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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單細(xì)胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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手把手演示R語言繪制多個(gè)基因表達(dá)值小提琴圖數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 整合小提琴圖 小提琴圖DCIS VS. IBC/N 小提琴圖DCISS VS. IBCS/NS 箱線圖
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IL-17在腫瘤發(fā)展中的作用
簡介 我們今天要介紹的信號(hào)通路主角是白細(xì)胞介素IL-17，IL-17家族是由IL-17A-F組成的細(xì)胞因子的一個(gè)子集，IL-17是一種有效的促炎細(xì)胞因子，在多種腫瘤中已被證實(shí)...
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R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點(diǎn)是在線爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信，但是缺點(diǎn)也是網(wǎng)絡(luò)問題，網(wǎng)絡(luò)差點(diǎn)就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識(shí)以及常見細(xì)胞分泌信號(hào)通路[http://www.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器[https:/...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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CytoTRACE：推斷擬時(shí)細(xì)胞起點(diǎn)輔助在做monocle的時(shí)候，我們最糾結(jié)的地方莫過于確定細(xì)胞的起點(diǎn)了。如果是比較明確的分析知道起點(diǎn)，或者有參考文獻(xiàn)，結(jié)合自己的生物學(xué)背景能夠推斷還好，可是如果自己一篇空白，該怎么...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期內(nèi)容同時(shí)發(fā)布于單細(xì)胞天地微信公眾號(hào)。 在進(jìn)行單細(xì)胞分析時(shí)，非常重要的一步就是聚類分群，而在這個(gè)過程當(dāng)中經(jīng)常令人困惑的是如何選擇一個(gè)合適的分辨率（re...
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