實例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關的基因集 一、確定目標通路 打開KEGG選擇pathway，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關鍵詞。 篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728...
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R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG） -
單細胞之富集分析-6：PROGENy單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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單細胞分析之細胞交互-4：NicheNet常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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AUCell：計算單細胞轉(zhuǎn)錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關鍵子集是...
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單細胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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單細胞分析之細胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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IL-17在腫瘤發(fā)展中的作用
簡介 我們今天要介紹的信號通路主角是白細胞介素IL-17，IL-17家族是由IL-17A-F組成的細胞因子的一個子集，IL-17是一種有效的促炎細胞因子，在多種腫瘤中已被證實...
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R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點是在線爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信，但是缺點也是網(wǎng)絡問題，網(wǎng)絡差點就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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細胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細胞配受體通識以及常見細胞分泌信號通路[http://www.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat：細胞間相互作用分析利器[https:/...
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單細胞分析之細胞交互-1：CellphoneDB常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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CytoTRACE：推斷擬時細胞起點輔助在做monocle的時候，我們最糾結(jié)的地方莫過于確定細胞的起點了。如果是比較明確的分析知道起點，或者有參考文獻，結(jié)合自己的生物學背景能夠推斷還好，可是如果自己一篇空白，該怎么...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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單細胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期內(nèi)容同時發(fā)布于單細胞天地微信公眾號。 在進行單細胞分析時，非常重要的一步就是聚類分群，而在這個過程當中經(jīng)常令人困惑的是如何選擇一個合適的分辨率（re...
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