參考文獻(xiàn): https://www.nature.com/articles/s41586-025-09686-5#MOESM1[https://www.nature.com/...
參考文獻(xiàn): https://www.nature.com/articles/s41586-025-09686-5#MOESM1[https://www.nature.com/...
近日,中科院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心童明漢研究員,復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院藍(lán)斐教授、北京大學(xué)湯富酬教授團(tuán)隊(duì)共同合作,在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《Cell Research》上發(fā)表題為“SE...
在跑任務(wù)的時(shí)候又遇到報(bào)錯(cuò),hicAggregateContacts命令行報(bào)錯(cuò) 氣急敗壞之下慣性使用chatgpt, 顯示需要降numpy版本. 索性試一試: 安裝完成之后報(bào)錯(cuò)...
報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 原作者回答 To a) I think this is just a warning message about closing file handles, you...
R 包 methylKit(GitHub - al2na/methylKit: R package for DNA methylation analysis[https://...
昨天在使用plotpup.py 畫 hic 的熱圖時(shí)遇到問題,反復(fù)試了兩個(gè)多小時(shí). 報(bào)錯(cuò)如下: 百思不得其解. 后面意識(shí)到這個(gè)軟件對(duì)格式都有嚴(yán)格的要求. 例如bedpe文件就...
@小明的生信筆記 你好,我在GitHub上看到這個(gè)https://github.com/stjude/ROSE/issues/31. 希望有幫助
super-enhancer神器ROSE的使用ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的,全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS,用來找增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子。 ROSE安...
目標(biāo):我有個(gè)a_1.fq.zg和 a_2.fq.zg 都是2G 測(cè)序的雙端文件,我想把他拆分成倆個(gè)文件,拆分成1.6G,b_1.fq.zg和 1.6G b_2.fq.z...
下載.這個(gè)是免費(fèi)軟件,直接去官網(wǎng)下載 https://gephi.org/[https://gephi.org/]. 下載完成之后打開軟件,準(zhǔn)備好輸入文件(edges 邊文件...
一邊學(xué)習(xí),一邊總結(jié),一邊分享! 引言 我們前面分享了NM的文章和代碼(組學(xué)繪圖代碼分享,作者提供全部圖的繪制代碼,你還不動(dòng)手收藏呢?[https://mp.weixin.qq...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2:批量...
小提琴分面圖(Violin plot)是一種用于展示和比較數(shù)據(jù)分布的可視化圖形。它類似于箱線圖,但提供了更多關(guān)于數(shù)據(jù)分布密度的信息。小提琴圖的核心是小提琴形狀,這種形狀是通過...
新年好啊 :) 最近使用Seurat畫小提琴圖時(shí)想將組間的p值給標(biāo)上,發(fā)現(xiàn)Seurat的VlnPlot并沒有參數(shù)直接支持這個(gè)功能。本文就記錄一下解決的方案。 Data pre...
在seurat中,如果運(yùn)行了RunUMAP或者RunTSNE后自動(dòng)分群后,F(xiàn)indAllMarkers和FindMarkers基本就是一樣的;如果沒有進(jìn)行RunUMAP或者R...
表觀遺傳修飾,包括組蛋白的翻譯后修飾,與轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)。三甲基化的H3賴氨酸4(H3K4me3)是最受研究的組蛋白修飾之一,因?yàn)樗谵D(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的富集以及與基因表達(dá)和決定細(xì)...