參考文獻(xiàn)： https://www.nature.com/articles/s41586-025-09686-5#MOESM1[https://www.nature.com/...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：新疆
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Nature圖片復(fù)現(xiàn) | 彩虹熱圖 -
Cell Res/IF25.9：童明漢/藍(lán)斐/湯富酬合作利用ChIP-seq及多組學(xué)分析揭示精子發(fā)生的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制近日，中科院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心童明漢研究員，復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院藍(lán)斐教授、北京大學(xué)湯富酬教授團(tuán)隊(duì)共同合作，在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《Cell Research》上發(fā)表題為“SE...
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hicexplorer 報(bào)錯(cuò)"`np.object` was a deprecated alias for the builtin `object`."在跑任務(wù)的時(shí)候又遇到報(bào)錯(cuò)，hicAggregateContacts命令行報(bào)錯(cuò) 氣急敗壞之下慣性使用chatgpt, 顯示需要降numpy版本. 索性試一試: 安裝完成之后報(bào)錯(cuò)...
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Bismark:Failed to close filehandle AMBIG報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 原作者回答 To a) I think this is just a warning message about closing file handles, you...
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R 包 methylKit 排錯(cuò)R 包 methylKit(GitHub - al2na/methylKit: R package for DNA methylation analysis[https://...
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coolpuppy報(bào)錯(cuò)原因
昨天在使用plotpup.py 畫 hic 的熱圖時(shí)遇到問題，反復(fù)試了兩個(gè)多小時(shí). 報(bào)錯(cuò)如下: 百思不得其解. 后面意識(shí)到這個(gè)軟件對(duì)格式都有嚴(yán)格的要求. 例如bedpe文件就...
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@小明的生信筆記 你好，我在GitHub上看到這個(gè)https://github.com/stjude/ROSE/issues/31. 希望有幫助
super-enhancer神器ROSE的使用
ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的，全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS，用來找增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子。 ROSE安...
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拆分?jǐn)?shù)據(jù)
目標(biāo)：我有個(gè)a_1.fq.zg和 a_2.fq.zg 都是2G 測(cè)序的雙端文件，我想把他拆分成倆個(gè)文件，拆分成1.6G，b_1.fq.zg和 1.6G b_2.fq.z...
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Gephi 的簡(jiǎn)單使用下載.這個(gè)是免費(fèi)軟件，直接去官網(wǎng)下載 https://gephi.org/[https://gephi.org/]. 下載完成之后打開軟件，準(zhǔn)備好輸入文件(edges 邊文件...
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跟著Nature Microbiology學(xué)作圖 （一）| 系統(tǒng)發(fā)育樹繪制一邊學(xué)習(xí)，一邊總結(jié)，一邊分享！ 引言 我們前面分享了NM的文章和代碼（組學(xué)繪圖代碼分享，作者提供全部圖的繪制代碼，你還不動(dòng)手收藏呢？[https://mp.weixin.qq...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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科研繪圖模板之小提琴分面圖小提琴分面圖（Violin plot）是一種用于展示和比較數(shù)據(jù)分布的可視化圖形。它類似于箱線圖，但提供了更多關(guān)于數(shù)據(jù)分布密度的信息。小提琴圖的核心是小提琴形狀，這種形狀是通過...
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R-Seurat VlnPlot 添加顯著性標(biāo)注新年好啊 :) 最近使用Seurat畫小提琴圖時(shí)想將組間的p值給標(biāo)上，發(fā)現(xiàn)Seurat的VlnPlot并沒有參數(shù)直接支持這個(gè)功能。本文就記錄一下解決的方案。 Data pre...
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FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的區(qū)別
在seurat中，如果運(yùn)行了RunUMAP或者RunTSNE后自動(dòng)分群后，F(xiàn)indAllMarkers和FindMarkers基本就是一樣的；如果沒有進(jìn)行RunUMAP或者R...
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H3K4甲基化（H3K4me3）在生物學(xué)和疾病中的作用表觀遺傳修飾，包括組蛋白的翻譯后修飾，與轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)。三甲基化的H3賴氨酸4（H3K4me3）是最受研究的組蛋白修飾之一，因?yàn)樗谵D(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的富集以及與基因表達(dá)和決定細(xì)...