這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
IP屬地：北京
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Ubuntu 22.04編譯安裝LACHESIS
工具鏈安裝 LACHESIS依賴boost庫(kù)，且經(jīng)過測(cè)試1.52～1.67版本的boost庫(kù)可以順利編譯LACHESIS，版本過高會(huì)導(dǎo)致報(bào)錯(cuò)，而低版本的boost庫(kù)在高版本的...
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基于Conda的無(wú)Root無(wú)Singularity安裝TrEMOLO
創(chuàng)建環(huán)境 編輯tremolo.yml文件，內(nèi)容如下： 創(chuàng)建conda環(huán)境 啟動(dòng)環(huán)境 安裝RaGOO 安裝TrEMOLO 修改環(huán)境 安裝samtools 修改TrEMOLO 測(cè)...
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用于記錄學(xué)習(xí)過程中的重要內(nèi)容，以及一些遇見的問題和解決辦法。
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不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書鎖了
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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使用jcvi基于wgdi的共線性結(jié)果(-icl)繪制點(diǎn)圖
在如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(上)[http://www.itdecent.cn/p/a50548e81ac0], 我們基于blastp的結(jié)果繪制了點(diǎn)圖，之后用 -icl...
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使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程，以菜鳥干貨為主，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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fastsimcoal2推斷群體演化歷史(Demographic history)1. 群體演化歷史分析的案例： 群體演化包括有效群體大小(Ne)變化、基因流，遷徙，分化等，會(huì)對(duì)等位基因頻率產(chǎn)生顯著影響，塑造了現(xiàn)有遺傳多樣性的模式和水平。群體演化、遺傳漂變...
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神奇的R包~spiralize~將常規(guī)的矩形圖畫成螺旋形偶然間發(fā)現(xiàn)了下面這個(gè)圖的代碼和數(shù)據(jù) 這個(gè)圖的代碼和數(shù)據(jù)的鏈接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
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基因家族擴(kuò)張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長(zhǎng)編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對(duì)miRNA進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測(cè)分析時(shí)，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫(kù)。通常對(duì)miRNA預(yù)測(cè)以3'UTR區(qū)域?yàn)橹鳎@就需要對(duì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行UTR區(qū)域的提取。我在之前寫...
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GATK檢測(cè)變異流程（GATK 4.1.3.0）
目的：從測(cè)序數(shù)據(jù)(clean reads) 到樣本的GVCF文件。利用bwa，samtools，和GATK 獲得每個(gè)樣本的GVCF文件。
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mcmctree估計(jì)物種的分化時(shí)間mcmctree需要3個(gè)輸入文件 多序列比對(duì)的phy格式文件（注意：這個(gè)phy和一般軟件的phy不太一樣）使用腳本把多序列比對(duì)的fa格式轉(zhuǎn)為phy格式 準(zhǔn)備包含2個(gè)物種之間的...
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生信分析22：完整的轉(zhuǎn)座子注釋流程本次推送是文獻(xiàn)分享22的對(duì)應(yīng)內(nèi)容。我與生信，公眾號(hào)：我與生信文獻(xiàn)分享22：泛基因組解析柑橘亞科進(jìn)化以及柑橘果實(shí)中檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[http://mp.weixin.qq....
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plink 進(jìn)行PCA分析當(dāng)我們進(jìn)行群體分析時(shí)，獲得vcf文件后，可以根據(jù)變異位點(diǎn)對(duì)這些樣本進(jìn)行PCA分析，現(xiàn)簡(jiǎn)單介紹 1、軟件安裝 2、簡(jiǎn)單操作 本次使用train.vcf.gz 作為例子 第一步：...
