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發(fā)簡(jiǎn)信
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本小推車專門推各種perl相關(guān)的基本語(yǔ)法介紹，資源，應(yīng)用。特別是與生物信息學(xué)應(yīng)用相關(guān)的文章。 ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? perl基本語(yǔ)法，比如和python語(yǔ)法的區(qū)別 ?? perl上下文，比如將列表賦值給標(biāo)量會(huì)發(fā)生什么 ?? perl特殊變量，比如$_ $/ $\ ?? perl入門，比如循環(huán)，常見(jiàn)的正則使用等 ?? perl進(jìn)階，比如引用，比如map grep等 ?? perl高級(jí)，比如命名空間，繼承，閉包等 ?? perl的單行程序，比如與linux的各個(gè)工具搭配 ?? perl常用模塊，比如File::Basename Yaml ?? perl繪圖，比如svg模塊，GD模塊，circos工具等等 ?? perl與生物信息學(xué)之間的關(guān)系，比如用perl提取genbank ?? perl6的相關(guān)用法（生信不太建議學(xué)perl6） 備注：本文很多的文章也可在 JSON_NULL 的專題 『碼神之路：perl篇』 中找到。這個(gè)專題對(duì)我的幫助很大，感謝這位簡(jiǎn)友
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在線工具網(wǎng)站，生物分析的一些網(wǎng)站或者數(shù)據(jù)庫(kù)之類的文章。??相關(guān)的文章會(huì)在收錄時(shí)間上相近，請(qǐng)點(diǎn)擊『最新收錄』 ?????????????????????????? ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)，比如Ensembl、Phytome ?? 癌癥分析網(wǎng)站，比如GEPIA、cBioportal ?? 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的美化，比如iTOL ?? 基因注釋，比如Metascape、KASS ?? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，比如pfam、SMART ?? 在線繪制統(tǒng)計(jì)圖，比如Venny ?? 序列比對(duì)，比如blast ?? 引物設(shè)計(jì)，比如primer3、primer-blast ?? 文獻(xiàn)下載，比如sci-hub，文獻(xiàn)鳥(niǎo) ?? 。。。
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生信精讀文獻(xiàn)
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生信在線數(shù)據(jù)庫(kù)
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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生信必備生物知識(shí)
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R語(yǔ)言做生信，包括數(shù)據(jù)可視化、數(shù)據(jù)分析，數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換等。
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來(lái)～ 好好學(xué)習(xí)，天天學(xué)生信～
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒(méi)有被我收入專題，可能是我沒(méi)看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了。望見(jiàn)諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過(guò)程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過(guò)程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
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生信技能樹(shù)：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛(ài)好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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醫(yī)學(xué)科研小白，專注于醫(yī)學(xué)科研設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析、生信分析。
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