在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中,在確定細(xì)胞類型后,除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外,還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析,這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
寫在前面 前述介紹了如何在「Windows」下安裝 WSL2+Docker。類似的操作,可以更為簡(jiǎn)單的在 MacOS 或者 Linux 下實(shí)現(xiàn)。一切目的,我們要的就是「使用 ...
PS:也適用于找不到包的情況,不僅僅是依賴...最近整合了團(tuán)隊(duì)的幾部機(jī)器,做成了小集群,于是很多計(jì)算環(huán)境重新部署。這兩天有個(gè)項(xiàng)目需要返工,發(fā)現(xiàn)之前流程代碼無法正常運(yùn)行?;趫?bào)...
寫在前面 前段時(shí)間,推過兩個(gè)教程,分別是:1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 輸入格式為sam,-b 輸出格式為bam 轉(zhuǎn)換成bam格式...
寫在前面 最近做了一些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。想想,上一次這么精細(xì)地分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),都是三五年前的事情。整個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是一個(gè)器官的不同發(fā)育階段。按照最傳統(tǒng)的做法,不同階段,兩兩間進(jìn)行差...
果子老師做過一個(gè)非常驚人的舉動(dòng),用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù),在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下,跑了將近40個(gè)小時(shí)。 那么問題來了,在...
是結(jié)婚了么
隨筆 | 我的近日二三事過去的兩三周,是華南農(nóng)的畢業(yè)季,而對(duì)于我來說,發(fā)生的事情也有一些。下述以流水賬的形式記錄。 結(jié)束了一件事 過去一年左右,基本每個(gè)月都在處理老家的事情,時(shí)機(jī)差不多了,索性做了最...
抑郁癥:常見也不常見 今天讀到一篇與名校學(xué)生抑郁癥有關(guān)的文章,突然有很多感觸。 世界衛(wèi)生組織對(duì)抑郁癥的定義是:一種常見精神疾患,患者心情郁悶,喪失興趣或享受感,產(chǎn)生負(fù)罪感,或...
一、HTML中的標(biāo)簽是什么? HTML標(biāo)簽[http://www.w3cschool.cn/htmltags/html-reference.html] 是由一對(duì)尖括號(hào)包裹的單...
放一張效果圖,這些,三四年前的東西,我其實(shí)一直懶得說。 寫在前面 “Gene Structure View (Advanced)”這個(gè)功能可以說,也是一時(shí)興起寫出來的。開發(fā)的...
寫在前面 今天是周二,吃完午飯回到電腦前,想著看個(gè)動(dòng)漫休閑一下。But,我還是忘了網(wǎng)址到底是啥?對(duì)于一個(gè)沒有做網(wǎng)頁(yè)收藏夾的人來說,確實(shí)是麻煩。類似的場(chǎng)景常常發(fā)生在: 下載文獻(xiàn)...
寫在前面 目前基因組測(cè)序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個(gè)課題組都可以單獨(dú)負(fù)擔(dān)的價(jià)碼,大量物種的基因組序列被測(cè)定和釋放。與此同時(shí),對(duì)應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件,如GTF或GFF3文件...
寫在前面 之前曾抱怨過complexheatmap太復(fù)雜了,現(xiàn)在我想說是我太菜了。折騰了一圈complexheatmap后,發(fā)現(xiàn)complexheatmap真的是極致全面的一...
很多時(shí)候,我們一直想做到出色,做到出彩,但是比我們優(yōu)秀的人,卻在相同的方向上,做了十年,出彩了十年,而且他們沒有停下腳步~~ 寫在前面 Emmm,GO注釋常常是一個(gè)有點(diǎn)爭(zhēng)議的...