測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化） -
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腫瘤思維導(dǎo)圖膽管癌CSCO 2020診療指南本期制作人 腫瘤思維導(dǎo)圖-膽管癌 Tumor Mindmap -Cholangiocarcinomas 膽管癌(Cholangiocarcinomas，CC)是較為少見的...
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沒有g(shù)ene2accession文件，請(qǐng)問那個(gè)要去哪下載呢？
GEO數(shù)據(jù)庫下載及提取gene
①下載TXT文件和平臺(tái)文件 若數(shù)據(jù)平臺(tái)文件無gene symbol 和探針序列or GBlist，則無法注釋。 ②ID轉(zhuǎn)換 1.平臺(tái)文件有g(shù)ene symbol 平臺(tái)文件改名...
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GEO數(shù)據(jù)庫下載及提取gene①下載TXT文件和平臺(tái)文件 若數(shù)據(jù)平臺(tái)文件無gene symbol 和探針序列or GBlist，則無法注釋。 ②ID轉(zhuǎn)換 1.平臺(tái)文件有g(shù)ene symbol 平臺(tái)文件改名...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和GEO數(shù)據(jù)區(qū)分mRNA和lncRNA①TCGA數(shù)據(jù) 輸入文件 ：獲得human.gtf文件，用來注釋基因?qū)傩?perl代碼如下 ②GEO數(shù)據(jù) perl代碼同上
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請(qǐng)問怎么獲得perl代碼呢？
GEO數(shù)據(jù)庫下載及提取gene
①下載TXT文件和平臺(tái)文件 若數(shù)據(jù)平臺(tái)文件無gene symbol 和探針序列or GBlist，則無法注釋。 ②ID轉(zhuǎn)換 1.平臺(tái)文件有g(shù)ene symbol 平臺(tái)文件改名...
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基因ID轉(zhuǎn)換方法總結(jié)1. clusterProfiler包，bitr()轉(zhuǎn)換ID函數(shù) clusterProfiler 是Y叔寫的一個(gè)功能強(qiáng)大的R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO...
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【鐵死亡>>預(yù)后模型】05.鐵死亡+PAAD（4.83分）PMID: 發(fā)表雜志：Aging (Albany NY) 知識(shí)點(diǎn) FRGs：Ferroptosis-related genes, 鐵死亡相關(guān)基因，作者從FerrDb[http...
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OS、PFS、DFS傻傻分不清？一文搞懂常見抗癌藥療效指標(biāo)不管是初入臨床的小白醫(yī)學(xué)生，還是罹患癌癥的患者及其家屬，抗癌藥物的療效都是他們最關(guān)心的事情。但查閱相關(guān)文獻(xiàn)的時(shí)候，又常常會(huì)被如OS、PFS、DFS、DCR、ORR等搞得暈頭轉(zhuǎn)...
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GO富集分析簡單介紹
GO富集分析原理簡介和DAVID的GO富集分析方法操作演示 尋找差異表達(dá)的基因并挖掘它們可能的功能，是我們進(jìn)行RNA測序的最主要目的。很明顯，這些差異的基因必然與功能改變密切...
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ROC曲線和PR曲線之前有篇文章返修的時(shí)候?qū)徃迦司蛦柫诉@樣一個(gè)問題：為什么使用ROC曲線而不考慮PR曲線，有沒有嘗試過其它方法進(jìn)行分類診斷？于是就有了今天總結(jié)的內(nèi)容。 1.ROC診斷曲線 背景 ...
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大白話解釋P-R曲線，ROC曲線和AUC曲線在分類問題里，有幾個(gè)重要的指標(biāo)可以用來衡量算法的能力，比如Recall（召回率），Precision（精確率），F(xiàn)1值等。P-R曲線，ROC曲線，AUC曲線等。之前已經(jīng)對(duì)前三...
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懂一點(diǎn)風(fēng)控<br>
