發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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單細(xì)胞測(cè)序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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TCGA及CRN數(shù)據(jù)庫(kù)疾病縮寫
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)疾病縮寫 ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌BRC...
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GO，KEGG，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會(huì)飛視頻（GO，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的，自行忽略.... 市面上公...
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【單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識(shí)Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)， 內(nèi)容構(gòu)成，對(duì)象的調(diào)用、操作，常見函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細(xì)胞seu...
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R 報(bào)錯(cuò)：ERROR: failed to lock directory XXX 00LOCK
Error: install.packages failed to lock directory 在使用bioconductor安裝一些包的時(shí)候，比如我安裝GEOquery時(shí)...
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繼續(xù)來(lái)看pheatmap那些有趣的事情劉小澤寫于2020.5.18上次看了熱圖如何去掉聚類樹的同時(shí)保留聚類的順序 ，有朋友留言給出了其他的解決方法，非常感謝！文中會(huì)給出答案另外，這次還是帶著數(shù)據(jù)，去看看pheat...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
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單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程單細(xì)胞GSEA分析需要的文件有兩個(gè)：1. 單細(xì)胞基因表達(dá)變化數(shù)據(jù)（兩列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目標(biāo)基因集（...
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單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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共線性分析 | MCscanXMCScanX是另外一個(gè)檢測(cè)基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一，2012發(fā)表至今引用數(shù)已經(jīng)有好幾百了，作者之一的唐海寶老師是國(guó)內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿，在學(xué)...
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Seurat：計(jì)算cluster的細(xì)胞比例和繪制堆疊條形圖
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對(duì)應(yīng)每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型，計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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R語(yǔ)言批量有規(guī)律改變量名
#把data數(shù)據(jù)集的18個(gè)變量名統(tǒng)一改為x1,x2....x18 names(data)<-paste('x',1:18,sep=' ')
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monocle2 擬時(shí)間分支點(diǎn)分析結(jié)果解讀How to map cell fate to branches? 擬時(shí)間分析結(jié)果有很多重要的結(jié)果，但是這些結(jié)果如何解讀？比如下圖的分支點(diǎn)分析結(jié)果： 從圖中可以看到，行代表基...
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單細(xì)胞PBMC經(jīng)典細(xì)胞類型marker背marker list 不要貪多哦，要慢慢地背，一個(gè)一個(gè)一個(gè)地背，然后背了再很快地忘記，如此反復(fù)。 外周血單個(gè)核細(xì)胞（Peripheral blood mononucle...
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Seurat2與Seurat3兼容與切換
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析時(shí)，常常用到Seurat這個(gè)R語(yǔ)言包。Seurat 分析流程基本涵蓋了單細(xì)胞分析中的所有常見分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降維及可視化等...
