主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞,單核細(xì)胞,DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一:Single-cell landscape of the ecosystem in early...
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)疾病縮寫 ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌BRC...
這是我聽B站鯪魚不會(huì)飛視頻(GO,KEGG,DO富集分析)里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解,如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的,自行忽略.... 市面上公...
一文了解單細(xì)胞對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式,單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu), 內(nèi)容構(gòu)成,對(duì)象的調(diào)用、操作,常見函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細(xì)胞seu...
Error: install.packages failed to lock directory 在使用bioconductor安裝一些包的時(shí)候,比如我安裝GEOquery時(shí)...
劉小澤寫于2020.5.18上次看了熱圖如何去掉聚類樹的同時(shí)保留聚類的順序 ,有朋友留言給出了其他的解決方法,非常感謝!文中會(huì)給出答案另外,這次還是帶著數(shù)據(jù),去看看pheat...
單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異,因此,功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多,這兒我們主要講述3種功能分...
單細(xì)胞GSEA分析需要的文件有兩個(gè):1. 單細(xì)胞基因表達(dá)變化數(shù)據(jù)(兩列,一列是geneid/gene symbol,一列是logFC)(文件格式:.rnk)2. 目標(biāo)基因集(...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
MCScanX是另外一個(gè)檢測(cè)基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一,2012發(fā)表至今引用數(shù)已經(jīng)有好幾百了,作者之一的唐海寶老師是國(guó)內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿,在學(xué)...
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù); table(Idents(pbmc)) 定義對(duì)應(yīng)每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型,也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型,計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...
#把data數(shù)據(jù)集的18個(gè)變量名統(tǒng)一改為x1,x2....x18 names(data)<-paste('x',1:18,sep=' ')
How to map cell fate to branches? 擬時(shí)間分析結(jié)果有很多重要的結(jié)果,但是這些結(jié)果如何解讀?比如下圖的分支點(diǎn)分析結(jié)果: 從圖中可以看到,行代表基...
背marker list 不要貪多哦,要慢慢地背,一個(gè)一個(gè)一個(gè)地背,然后背了再很快地忘記,如此反復(fù)。 外周血單個(gè)核細(xì)胞(Peripheral blood mononucle...
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析時(shí),常常用到Seurat這個(gè)R語(yǔ)言包。Seurat 分析流程基本涵蓋了單細(xì)胞分析中的所有常見分析方法,包括filtering,tSNE,UMAP降維及可視化等...